日本於2006年3月27日正式成立聯合參謀部，同時撤銷參聯會，建立起以聯合參謀部為核心的聯合作戰指揮體制，把原來各軍種參謀長的作戰指揮權統一收歸到聯合參謀長手中，各軍種參謀長被剝奪作戰指揮權，由聯合參謀長指定聯合任務部隊指揮官對部隊實施統一指揮。各軍種參謀長退出指揮鏈後，專門負責本軍種的建設、訓練、人事和管理等工作，成為“力量的提供者”，而聯合參謀長成為“力量的使用者”，從而建立起軍政軍令分開的一元化指揮體制。聯合參謀長直接向首相負責。
日本自衛隊新的聯合作戰指揮體制鏈條為“聯合參謀長—聯合任務部隊司令（各方面隊司令或中央快反集團司令、聯合艦隊司令、航空總隊司令或未來的陸上總隊司令等）—聯合任務部隊”三級指揮體制。
特別需要注意的是，作為美國在亞洲最重要的盟友，日本的聯合指揮體制還要和美軍對接，便於實施高效的聯合作戰。2012年3月，日本航空自衛隊航空總隊司令部遷入駐日美空軍司令部橫田基地，同時在橫田基地設立“日美聯合作戰協調所”。2013年3月，陸上自衛隊中央快反集團司令部從朝霞駐地遷入駐日美軍陸軍第1軍司令部的座間兵營（神奈川縣），另外，海上自衛隊與駐日美海軍第7艦隊同在橫須賀基地。因而，日本陸海空主要司令部與美軍太平洋戰區三軍戰術司令部已經實現整合，自衛隊的三級指揮體制與美軍的三級指揮體制分別對應，戰時可實現指揮鏈的“無縫對接”：日聯合參謀長對應美太平洋總部或中央總部等戰區司令；日各軍區司令或中央快反集團司令（或未來的陸上總隊司令）對應美陸軍第1軍司令，日海上自衛隊聯合艦隊司令對應美第7艦隊司令，日航空總隊司令對應美駐日空軍司令；日聯合任務部隊對應美聯合特遣部隊。
兵力規模由減轉增，大力發展新型裝備
在2013年新防衛大綱出台之前，日本陸上自衛隊一直在進行“瘦身”改編，包括裁減員額和軍費，將師改為旅，裁減重型裝備、增加輕型機動車輛等。安倍政府執政後，一改軍費微降趨勢，轉而采取擴充軍備政策，增加軍費和部隊員額，研發和引進先進武器裝備，試圖建立一支除了保衛日本國家安全外，還能在國際事務中發揮主導作用的軍事力量。
2013年，日本自衛隊員額增加287人，這是日本自衛隊員額18年來的首次擴編，自衛隊實有總員額達到225377人（編制員額為247446人 ）。
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