儘管官兵們負了傷，卻對外面的情況一無所知。潛艇艇長及艇員急忙讓潛艇浮出水面。艇員們按下了緊急吹氣啟動按鈕，立即將壓縮空氣送入“舊金山”號潛艇的壓載艙內。艇員們並不知道，吹氣產生的爆炸力在壓載艙的前部擠壓出了幾個大洞。潛艇原本應當立即上浮，但經過令人痛苦難忍的30秒後潛艇才開始上浮。到11點44分，潛艇才完全浮出水面。
報告稱，“舊金山”號潛艇的內殼完好無損，其搭載的48枚水雷和“戰斧”艦載巡航導彈也毫發無損。此外，出人意料的是，它的核反應堆同樣安然無恙。這艘潛艇開始啟程返回關島。2005年1月10日晚，經過30多個小時的航行後，它回到關島的阿普拉港。
後來，一項調查披露該潛艇撞上了水下一座高6500英尺的海山。這座水下海山未出現在“舊金山”號潛艇繪制航線的地圖上，但被其他地圖列為“潛在的危險地帶”。據稱，這片危險地帶距離撞擊地點僅2海里，“舊金山”號潛艇艇長稱，如果早了解到這一情況，他就會對這一潛在的障礙“敬而遠之”。
“舊金山”號潛艇官兵使用的地圖是由美國國防測繪局於1989年提供的。2008年美國馬薩諸塞大學所做的一項研究稱，地球資源衛星拍攝的照片顯示撞擊地區內的一座水下海山已升高至距離水面100英尺的範圍內。這份研究報告稱，海軍的地圖沒有用新數據進行更新。美國海軍認為，由於冷戰結束，發生撞擊事件的這片區域不是進行測繪的首要地區，為支持全球反恐戰爭，中東地區則成為測繪的首要區域。
“舊金山”號潛艇在經過修理後，依靠自己的力量，返回到華盛頓的皮吉特灣。這艘潛艇受損的船頭部分已被拆除。當時，其姊妹潛艇“檀香山”號潛艇不久就退役了，“檀香山”號的船頭被拆下來，焊接在“舊金山”號潛艇上。 |
