遠程反艦導彈的另一突出特點是抗干擾——
信息化戰爭時代，太空和網絡能力是裝備作戰效能的倍增器。信息化條件下的海上作戰，也往往首先圍繞電子干擾與反電子干擾展開。
遠程反艦導彈的研發立足於在複雜電磁環境下作戰，強調降低對ISR和GPS的依賴。當存在電子干擾或己方天基系統支持失效時，遠程反艦導彈依靠其被動雷達/紅外成像等多種制導模式導引頭，可自主尋找目標，並具備全天時、全天候以及打擊隱身目標的能力。當前，為了適應強對抗戰場環境，減小對GPS等外部支持的依賴已成為美軍裝備研發的側重點。
遠程反艦導彈具備隱身性能，可大幅降低被敵方防空反導系統探測到的概率。美軍的飛機和導彈已經普遍實現隱身化。反艦導彈尺寸較小，採用隱身設計後，雷達反射截面積進一步減小，在其掠海飛行階段，各國水面艦艇裝備的對空雷達實施探測和跟蹤的難度極大，攔截彈往往來不及發射。
遠程反艦導彈的第三個特點是智能化——
為適應複雜多變的戰場環境，智能化成為反艦導彈的發展趨勢。遠程反艦導彈被美軍稱為“當今智能化水平最高的反艦導彈”，在態勢感知、精確制導、飛行控制等系統中，引入了當前迅猛發展的人工智能技術，使其具備更強大的態勢感知、目標識別和自主決策能力。
遠程反艦導彈可根據其彈載射頻/紅外成像傳感器獲得的艦船物理場信號特征以及彈上儲存的目標數據庫信息，經過彈載計算機的智能化數據處理，進行分類和識別，辨識出敵方水面艦艇編隊和瀕海海域航線上的特定目標，選擇最具威脅、最具價值的目標，予以精確打擊。
在智能化目標識別的基礎上，遠程反艦導彈能夠自主制定智能化突防策略，改變飛行方向，規避防空反導系統的威脅，在其威脅最小的方向進入，以被攔截概率最低的飛行高度、速度和路徑逼近目標，進而實現較高的突防概率。
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