早在2011年日本“3·11”大地震期間，日本自衛隊就首次臨時編組聯合任務部隊。由於“統合幕僚長”忙於向首相和防衛大臣匯報和解釋，以致在自衛隊運用上投入的時間和精力不足。一些自衛隊高官主張，“統合幕僚長”應專注於輔助防衛大臣，需新設專職指揮自衛隊的“統合作戰司令部”。然而，美國對日本發展軍事能力“既用又防”，並未同意這一構想。
隨著美國推行“大國競爭”戰略並對日本逐步軍事鬆綁，2022年12月，日本政府發布新版《國家安全保障戰略》等安保文件，明確提出將成立“統合作戰司令部”。美國對此表示歡迎，認為這有助於自衛隊建立更有效的指揮和控制關係，提高與美軍的互操作性。2023年4月，日本自衛隊“統合幕僚長”吉田圭秀明確了“統合作戰司令部”和“統合幕僚監部”的權責劃分：前者負責戰役層級的聯合作戰構想運用，後者負責輔佐防衛大臣作出決策等戰略層級任務。
今年2月，日本政府通過《自衛隊法》修改案，重申自衛隊將成立常設機構“統合作戰司令部”。隨後，日本借吉田圭秀身體有恙，多次炒作加速成立“統合作戰司令部”，以分擔“統合幕僚長”職責的必要性與迫切性。在此背景下，今年4月，日本《防衛省設置法》修正案在眾議院全體會議上開始審議，並最終在國會兩院相繼獲得通過。
深度綁定美國引爭議
報導稱，日本設立“統合作戰司令部”，不僅可加強自衛隊的協調和指揮，還能促進美日軍事指揮系統一體化，而這正中美國下懷。近年來，美國不斷謀劃高端常規戰爭，並將聯手盟友共同干預地區乃至全球事務作為必選項。拜登政府不斷深化拓展美日同盟關係，防務領域合作從戰略層級向戰役戰術層面延伸。針對日本設立“統合作戰司令部”，美國“2024財年國防授權法案”要求加速調整駐日美軍指揮機構，以有效協調美日聯合作戰。
目前，位於橫田基地的駐日美軍司令部，僅負責與日本政府和自衛隊之間的事務性談判以及相關協調工作，在日美軍事合作中更多扮演行政角色，司令通常由美空軍第5航空隊司令兼任。駐日美軍各軍種部隊的作戰指揮權，則由位於夏威夷的美軍印太司令部直接掌控。
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