孫亞夫指出，四十年來兩岸關係發展屢屢遭遇嚴重困難，反映了它自身內在的嚴重問題。
一是，台灣1949年以來實行與大陸不同的社會制度，具有不同的政治意識形態，尤其是1987年後實行西方式政黨政治、流行西方政治價值觀念。
二是，台灣各種分裂勢力謀求“兩個中國”“一中一台”“台灣獨立”，1986年民進黨成立以來尤以“台獨”問題為害最大。“台獨”分裂行徑是對國家主權和領土完整的最大威脅、對祖國和平統一進程的最大阻礙，也是引起兩岸關係緊張動蕩的基本原因。
三是，國民黨不願與大陸方面通過談判實現兩岸和平統一，也不願進行解決政治分歧的談判，力圖維持現狀，尋求兩岸分治。
四是，美國始終為台灣提供所謂“安全保護”。台灣問題是國共內戰遺留的問題，進一步說是由於美國干預國共內戰而遺留的問題。1979年中美建交後，歷屆美國政府都承諾奉行一個中國政策，但同時都通過《與台灣關係法》承諾向台灣提供所謂“安全保護”，這使得民進黨及其當局敢於堅持“台獨”立場，也使得國民黨及其當局得以不與大陸方面進行和平統一談判。近年來美國政府對中國大陸發展壯大不能接受並深感焦慮，將中國定為主要戰略對手，加劇了與中國的戰略競爭，同時也加大了扶持台灣與大陸對抗的力度。美國的干預是台灣問題長期得不到解決的最大外部障礙。
五是，由於種種錯綜複雜的歷史和現實原因，主要是由於上述四個問題的存在，扭曲了台灣社會對兩岸關係許多重要問題特別是個人政治身份認同、國家認同、“統獨”問題的看法。
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