對於金門漁船事件後續問題，邱進益接受中評社訪問時表示，這事件民進黨政府開始的時候就有點荒腔走板，泉州台辦副主任也是晉江紅十字會高級顧問李朝輝率團過來協調，是屬於大陸地方級官員且以紅十字會名義來，理論上來講，台方應該也派紅十字會相關單位人士去對接，讓整件事情降溫、降級，當成偶發意外事件處理。
邱進益說，但現在的民進黨政府有點走火入魔拉高官方層級，這是一個錯誤的處理方法。第二個錯誤方法，民進黨政府讓自己沒有迴旋的餘地，如果委由紅十字會出面，代表民間，牽涉到官方需要道歉、賠償等事宜，要如何處理還有一點迴旋空間。第三個錯誤則是整起事件匆忙交給檢方處理，走司法程序後，很多事情都不能動，更何況對方如果質疑你們司法不公，事情更難處理。
邱進益強調，民進黨政府在應對這件事上，方向都錯誤，然後再加上“海委會主委”管碧玲三不五十把這事拉高到政治層面，整個事件就政治化，產生後遺症太多，這是至今無法善了的原因。
邱進益提到，這事件至今已快一個月，現在因進入司法程序而停止任何動作，可是這當中引起了大陸民眾相當高的仇台感覺，這後果是沒辦法估量的。
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