這也進一步涉及到“一國兩制”和基本法的關係，“一國兩制”並不直接等於基本法。“一國兩制”是大道之行，基本法則道成肉身。即便未來基本法有所修改，也仍然符合“一國兩制”。關於“一國兩制”的權威論述出於《鄧小平文選》相關篇章，裡面提出了很多問題。比如愛國者治港的問題，當愛國者治港不能得到充分保證的時候就會出現很多關聯問題甚至危及“一國兩制”的憲制穩定與功能發揮，但是又如何合法合理地加以保障和塑造呢，都是具體實踐的大事。比如高度自治不是完全自治，一旦香港發生特區政府無法控制的局勢，中央政府頂住任何壓力都必須要干預。還有“五十年不變”的有關辯證法理解，很精辟。對香港普選可能紛爭的預測與評價也頗見一流政治家之洞察力。這些是在鄧小平的原初論述中能夠找到依據的，這些年涉港官員或學者都非常重視重新閱讀及闡釋小平同志的原初論述，那裡有著“一國兩制”的立法原意。
不能把基本法等同於“一國兩制”的全部內涵，而基本法也不能被理解為一些香港人所說的小憲法，不完全是其普通法判例體系。基本法是“一國兩制”得以實施的法律形式，但沒有窮盡“一國兩制”的全部內涵和邏輯。這也可以解釋得通“一地兩檢”的問題。“一地兩檢”雖然不能從基本法中找到單獨條文的支持，但符合“一國兩制”的精神及基本法的原則。“一國兩制”是為了香港繁榮和國家更好發展，將香港利益和國家利益相結合。而“一地兩檢”在原則上符合兩地互惠合作發展的基本要求，所以是符合“一國兩制”的。
這裡面就出現了一個問題，雖然符合“一國兩制”，但在基本法中沒有明確的條文依據該怎麼辦？這個時候只能由國家權威機關一錘定音地做出決定，因此關於“一地兩檢”的決定並非是僅僅根據基本法做出的，而是依據“一國兩制”和《憲法》做出的，就像當初基本法也是依據“一國兩制”和憲法制定的一樣。關於“一地兩檢”的決定實際上發展和完善了“一國兩制”之下的基本法法律制度體系。全國人大常委會正是基於這樣的立法原意理解而通過決定形式確認了“一地兩檢”方案的憲制合法性，為兩地融合發展提供符合“一國兩制”根本憲制原理的權威性保障與指引。
“一國兩制”和基本法的關係在很長時間內都被理解為純粹的法律問題，但這幾年經過中央的調整，這一思路已經得到了一定糾正。討論“一國兩制”範疇內的問題並非要言必稱基本法，而是需要兼顧“一國兩制”本身的憲制原理及其約束。當“一國兩制”在發展過程中遇到新問題的時候，就要求助於鄧小平對於“一國兩制”的論述和憲法本身，用這樣一種更高位的規範秩序來指導和發展基本法。“一國兩制”原則高於基本法，是基本法的來源和依據，也是基本法發展的基本原理。以前這一點沒有講清楚。
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