第二是林義雄和前台灣中央研究院院長李遠哲主導的“國會”減半。當時林再度以全台苦行強力主張將“立法院”席次從225席，減為113席，配套則是“單一選區兩票制”，將大選區改為小選區。林力推此案時，民進黨高層不少人私下都認為這萬萬做不得，因為單一選區實施後，變成“立委”也是一對一選舉，民進黨基本盤約只有4成多，很難與國民黨拚單一席次。果然，2008一選就垮，民進黨目前在“立法院”只有33席，三分之一都不到。除非選舉制度再改，民進黨未來要過半機會不大，林義雄的主張，讓國民黨成為最大受益者。
民進黨執政中後期，陳水扁和林義雄已漸行漸遠。扁受不了林義雄打著“人格者”形象，動不動就發動全台苦行對他施壓，林義雄2006年退黨時，陳水扁態度極其冷漠。在扁涉貪之後，林毫不留情的重批，就兩人的恩怨來看，也是理所當然的事。
林義雄讓民進黨可能會長期成為“立法院”的小黨，算不算民進黨的“罪人”？要留待未來寫歷史的人來看。但可以很確定的說，如果民進黨要再度邁向執政之路，固執的林義雄之於陳水扁，和林義雄之於蔡英文或蘇貞昌並沒有不同。尤甚者，綠營還傳出如果蘇蔡都當選五都市長，不排除由林義雄出馬代表民進黨參選2012，更屬於天方夜譚。
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