第三階段是從9月20日至9月29日。在這期間，事態發展有幾種可能：一是日本如果比較明智的話，就會選擇在9月29日前盡早釋放船長，防止事態進一步擴大，早釋放一天，危機就可早一天緩和下來了。
第二種可能是，日本在29日前後宣布走法律程序，起訴中國船長，從而使此事進入第四階段。但是，這根本無法解決問題，而只能把事情搞得更加複雜化、尖銳化。首先，日本只有在本國主權範圍才適用日本國內法，而釣魚島及其周邊近海並不屬於日本主權範圍之內，這一點是包括美國在內國際社會的共識。中國政府認為，釣魚島列島及其周邊水域的主權屬於中國，而根本不是所謂日本的領海，日本無權按所謂國內法審判中國人。日本當局抓扣中國船只和人員是非法的，是對中國的嚴重挑釁。其次，在所謂進入日本司法程序前，日方已經釋放了中國的漁船和14名船員。這說明這件事是可以作為偶發事件，不經所謂日本國內司法程序而通過政治決斷來解決的。第三，日方若企圖通過本國司法程序定罪，只能給自己找更大的麻煩。因為無論當時現場情況如何，只要船長不承認審判本身的合法性，就不會認錯，更不會賠罰款，那樣一來問題就會長期化，而“燙山芋”就總在日本的手上，菅直人內閣就總下不了台階。今年11月日本在橫濱主辦的亞太經合組織（APEC）會議也會受到影響。
第三種可能性是，日本故意“拖”下去，以種種“理由”繼續扣押船長，使問題長期化。為什麼會有這種可能性呢？因為日本一些人就是要繼續利用此事製造國內輿論，在年內與美國進行有針對性的聯合軍演，發表加強日美同盟的聯合宣言，最終在年內順利通過重點針對中國的“防衛計劃大綱”，實現未來5年內近兩萬人的增兵計劃，在靠近台灣，包括釣魚島在內的西南離島部署陸上自衛隊“海上陸戰隊”等兩栖作戰部隊。如此，中日關係必將受到嚴重傷害，兩國民眾的感情也會進一步惡化，中日戰略互惠關係將轉化為中日戰略對抗關係。
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