第三階段是中日戰略互惠關係的確定（2008年）。2008年5月6日至10日，時任國家主席胡錦濤對日本國進行國事訪問。訪問期間，胡錦濤主席同福田康夫首相就全面推進戰略互惠關係達成共識，雙方確認，增進政治安全互信對構築中日戰略互惠關係具有重要意義。雙方決心全面推進中日戰略互惠關係，實現中日兩國和平共處、世代友好、互利合作、共同發展的崇高目標。雙方決心正視歷史、面向未來，不斷開創中日戰略互惠關係新局面。
雙方確認，兩國互為合作夥伴，互不構成威脅。中國自改革開放以來取得的發展給包括日本在內的國際社會帶來了巨大機遇，日方對此表示積極評價。中國願為構建持久和平、共同繁榮的世界作出貢獻，日方對此表示支持。日本在戰後60多年來，堅持走作為和平國家的道路，通過和平手段為世界和平與穩定作出貢獻，中方對此表示積極評價。雙方堅持通過協商和談判解決兩國間的問題。
雖然中日兩國於2008年簽署了《關於全面推進戰略互惠關係的聯合聲明》，但隨之中日關係經歷了一系列挫折，戰略互惠關係的推進也受到不利影響。如發生於2010年9月7日的“閩晉漁5179號”事件（隸屬於福建省晉江市深瀘鎮的“閩晉漁5179號”拖網式漁船在釣魚島海域與日本海上保安廳艦艇相撞，船主吳天祝被日本非法拘押）以及2012年9月11日的野田內閣強施釣魚島“國有化”政策的事件，對正在實施中的中日戰略互惠關係造成巨大衝擊，呈現倒懸之危態勢。
王鍵也表示，中日戰略互惠關係存在波折與不確定性。面臨困境，中日兩國始終在摸索改善之道。2014年4月 17日，中國外交部發言人華春瑩表示，中方一貫重視在中日四個政治文件基礎上與日本發展戰略互惠關係，這符合兩國人民利益，對整個地區和平發展也是有益的。4月28日，日本首相安倍晉三在官邸與即將訪華的自民黨副總裁高村正彥會談，指示其轉達希望恢復旨在擴大中日共同利益的“戰略互惠關係”的意向。以2014年底中日達成改善關係的四點原則共識為起點，中日關係改善勢頭日趨明顯。密鑼緊鼓、不可或緩，2016年9月習近平國家主席與參加杭州二十國峰會的安倍首相舉行會晤。2017年習近平國家主席與安倍首相先後在德國漢堡與越南峴港兩次會晤；2018年安倍首相與李克強總理實現停頓多年的中日首腦互訪，同時開啟中日第三方市場合作進程。
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