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| 赤崁樓的古井，有密道傳說。（中評社 趙家麟攝） |
清康熙60年辛丑(西元1721年)朱一貴之亂，城樓遭到嚴掠奪破壞，連門額鐵字也被取下來鑄造武器。接著幾次地震的肆虐，城樓坍塌，景色更是淒涼。同治光緒年間，陸續修建有大士殿、海神廟、文昌閣、蓬壺書院及五子祠等建築，昔日荷蘭城堡風格幾乎已不存在。
清光緒12年（西元1886年）知縣沈謙受在荷蘭城堡舊址上，建造海神廟與文昌閣兩座閩南式樓閣建築，形成台灣獨一無二組合。
日治時期，赤崁樓充當陸軍衛戍病院，蓬壺書院因地震多半倒塌，五子祠也因颱風的侵襲而損毀。1918年，日人整修赤崁樓，做為台灣總督府日語學校台南分校（台南大學前身）。1935年，赤崁樓被指定為重要古蹟。台灣光復後，赤崁樓曾做為台南市立歷史館使用。
目前，在赤崁樓靠閣樓的牆基上，立有九塊石龜御碑，這些都是清乾隆53年（1788年）讚賞平定林爽文之役的記功碑。御碑以花崗石所雕，碑首雕雙龍，碑文滿漢各四邊，二者合壁一篇，所有碑是立於狀似石龜之贔屭上，一般人均稱之為（龜碑）。
兩座樓閣中間，有一古井，傳說中可通往熱蘭遮城，是真是假，未曾考據，留待遊人自行想像。南面基牆則砌以歷代石碑甚多，西面庭園中也擺置了石馬、石陀與技勇石等歷史文物。
文昌閣的二樓，祀魁星，右手握硃筆，左手拿墨斗，一足踏鱉首，一腳踢星斗，以象徵獨占鰲頭之意，是考生祈求金榜題名地，祈福的木牌掛滿了閣。 |
