然而，鳩山短暫的管治歲月，實質影響可能比外界預期的更具重要性。真的，或許在以後數十年，我們會相信他的任期改變了一個外界不相信的政治現象：日美關係緩慢有序地重塑，而與中國關係日益緊密。
鳩山競選首相時主張關閉美軍駐沖繩的普天間海軍基地，一點也不令人意外。1996年，當他就任羽翼未豐的民主黨的黨魁時，他已經在下議院提倡重新審視日美安保條約，調整甚至取消美軍駐日本境內，在一般時間沒有美軍駐守的日本土地。同年他在日本學術雜誌文藝春秋（Bungei Shunju）撰文，希望將來日美關係是趨向更平等的夥伴關係（a more equal partnership），目標日期正好是2010年。
他的願望落空了。當他坐上相位後，美國總統奧巴馬便立刻施加壓力，要他在美軍基地搬遷問題上讓步，令他屈服。沖繩人憤怒了，中國人亦然。加上經濟一潭死水，以及黨內教父小澤一郎的政治獻金醜聞，鳩山民望每況愈下，最終被迫請辭。
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