在經濟改革方面，馬英九將推進產業轉型、加快與其他國家和地區經濟體簽署自由貿易協定作為主要突破口，包括加緊與大陸推進ECFA後續協商談判，這些都很重要，但馬當局改善經濟還是要突出重點，其中至為關鍵的就是要加快台灣自身經濟產業轉型，苦練內功，真正提升台灣自身的經濟競爭力。
在提振經濟上，台灣應正確處理內因和外因之間的關係問題。加快推進經濟結構調整和產業轉型升級可稱得上是台灣經濟改革的內因；與其他經濟體商簽自貿協定可稱為外因，這其中包括兩岸ECFA、台灣與新加坡等國簽署FTA，積極加入美國主導的“跨太平洋夥伴協議”（TPP）等。應當看到，台灣作為典型的外向型出口經濟體，對外貿易競爭力是島內產業競爭力的擴大和延伸，沒有強大的產業優勢和競爭力，即便台灣出口產品在全球各國各地區皆享有零關稅待遇，也未必能攻無不克戰無不勝。
以目前全球最大經濟體美國為例，根據美國官方統計，去年美國自FTA國家進口的成長率為5.3%，而自非FTA國家進口成長為5.6%，這表明沒有與美國簽FTA的國家對美出口產品反而更勝一籌，更進一步說明經濟體間的FTA並非提振外貿的靈丹妙藥。如果經濟體本身的產業競爭優勢明顯，加之自身經濟結構合理，則外貿出口同樣占有優勢。當然，洽簽FTA可以讓台灣出口享有零關稅待遇，但世界貿易自烏拉圭回合談判後，全球關稅稅率已大幅度降低，如今美國、歐盟進口總額裡已逾半數屬零關稅，美國工業產品平均關稅稅率3.3%、歐盟4.4%，而台灣作為世貿組織（WTO）的成員，這些零關稅待遇早已享有。另外，WTO成員在1997年簽署資訊科技協定（ITA），已促成包括半導體、電子產品、資訊通信產品約三百項商品的關稅調降至零，而這些降稅清單上的項目正是台灣出口最多的產品。從這個角度來講，台灣近年來出口競爭力下降，FTA倒在其次，最主要的還是應加快自身經濟結構調整，加快產業轉型升級。
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