不過，本次會議仍然存在一個障礙——敘利亞政府與反對派仍就會議目的各執一詞、爭鋒相對：前者及其靠山俄羅斯認為，這次會議應為阿薩德政權繼續執政創造國際合法性；後者與其後台美國則認為，這次會議應以開始組建一個排除阿薩德在外但擁有一切國家機構行政權力的過渡管理委員會，實現政治過渡為主旨。
最近公佈的一份驗證報告指稱，有清楚證據證實敘利亞當局自2011年反政府示威活動爆發後，已經系統禁食、虐待和殺害了1萬1千名被拘押囚犯，數量之多，死狀之慘，令人震驚。如果證據確實，阿薩德足以背上虐殺平民的戰爭罪行。可即便如此，這次會議也不應把與會者拖入實現機會渺茫的政治方案談判中，這對推動敘利亞進程及改變敘利亞現狀都無益處。敘利亞進程本就已經放緩甚至逆轉，聯合國對伊朗的出爾反爾就是實證。
潘基文邀請伊朗參加會議的原因極具說服力：要想日內瓦會議取得成功，在敘利亞危機中扮演重要角色的國家都得在其中佔有一席之地——也就是說，至少卡塔爾、俄羅斯、沙特、土耳其和美國都被包括在內，自然也少不了伊朗。但是，伊朗肯定不會同意推動敘利亞的政治過渡，它的地面部隊也不會放任這種情況發生，因此，“全國聯盟”一直不同意讓伊朗外交官員出席會議，也就不難理解了。
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