首先，有鑑於陸港衝突事件頻傳，台灣是否能夠有別於香港，在擴大交流享受觀光效益的同時，能夠與陸客和平相處相互尊重，平心而論，台灣在擴大開放的同時，也必須學習到大陸的多樣性與差異性，勢必要有更多精神及物質上的準備，既不要失禮，又要讓陸客遊興不減，這確實是一大挑戰，考驗著不只是馬政府，也考驗著台灣全體民眾的成熟度與包容接受度。
其次，陸客自由行擴大城市，想必帶來的是更多元的遊客，如何能夠妥善處理安全問題、管理問題、交通問題、承載量問題、環保問題、法律問題（包括民事、刑事及行政上等），都必須要逐一克服，不只要預防，更需要妥當的危機處理與謹慎回應，特別是當兩岸往往牽涉到敏感的兩岸主權及管轄權問題、兩岸認知差距及文化風俗習慣不同時，更必須要格外留意，特別是以目前兩岸互信基礎未深的情況下，兩岸間實在經不起任何重大的考驗及挑戰，因此在擴大開放的同時，台灣相關的準備工作一項都不能少。
再者，擴大開放的效益，除了經濟上，兩岸間能夠更加相互理解、溝通看法自然是最大的好處；同時一方面我們可以介紹真實的台灣，讓陸客能夠第一手的體驗到台灣的民主制度及法治實施情況，藉由一點一滴的生活觀察及親身體驗，更有助於兩岸間相互瞭解，然而在陸客瞭解的過程中，有可能會發生與台灣民眾爭執的情況，這更需要互相自制、自律與尊重。另外，擴大開放陸客，民進黨的反對與杯葛，聲稱大陸“以商逼政、以經促統”，如此思維方式實在令人擔憂。
因此，開放陸客自由行是一種必然的時代趨勢，更是兩岸善意交往下的必然結果，但馬政府必須各項配套措施完備，則自然是正面效益多於負面效益，優點多於缺點；但各項準備工作，馬政府與人民都不能掉以輕心。許多技術性及規範性問題等配套措施，諸如相關證件、保證金、問題發生時的解決方式等問題，必須要妥善規劃，完善因應，儘量便捷方便；但各項所暴露的問題與隱憂，馬政府與全體人民也都應該正視並設法解決。
而在具體作法上，馬政府特別重視維護台灣旅遊品質，一來勿使大陸民眾對於台灣旅遊失去興趣及感到失望，一來將台灣好的一面展現在大陸民眾的面前，台灣人的友善與好客，故馬政府積極研擬，推出諸多措施，例如：
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