在看到上述成績的同時，也應清醒地看到，與兩岸經貿文化交流迅速擴大與新形勢下共同維護中華民族共同權益的需求相比，兩岸在海事安全與非傳統安全方面的合作還只是初步的。一方面，一些新的非傳統安全問題會隨著兩岸交流合作的擴大不斷湧現，且聯動性增強；另一方面，兩岸政治現實和一些不合時宜的舊觀念還制約著合作的深度和廣度。進兩岸海事與非傳統安全合作、增進兩岸人民安全福祉任重而道遠。
三、努力提高兩岸海事安全與非傳統安全合作的質量
未來兩年是兩岸關係發展的關鍵時期。雖然一些深層次的矛盾問題短期內難以根本解決，但兩岸關係的大趨勢仍是和平發展。兩岸有責任充分利用當前有利條件，積極推進兩岸海事安全與非傳統安全合作，為造福兩岸民眾、維護中華民族共同利益做出實實在在的貢獻。
（一）搞好頂層設計。迄今為止，兩岸開展海事安全與非傳統安全合作主要針對兩岸交流交往引發的緊迫問題。這種先易後難、急事先辦的思路在一定時期內確有其合理性。然而從長遠看，一些深層次的問題必須解決。比如，兩岸海事安全與非傳統安全合作在發展兩岸關係中的地位作用是什麼？兩岸海事安全與非傳統安全合作是短期的還是長期的？非傳統安全問題與傳統安全問題常常相互交織，在當前兩岸政治現實下，兩岸對於涉及主權與軍事安全背景的非傳統安全問題，如何只做加法而不做減法，相互配合而不相互掣肘，使一股勁而不使兩股勁？應對海事安全與非傳統安全問題，很多時候都離不開軍事力量的參與，如何建立兩岸軍事力量在應對此類問題上的合作？等等。從過去兩岸的實踐看，上述問題已經在一些事件中影響和制約了兩岸合作的質量和效果。解決這些問題，要求兩岸決策者應從大局著眼，通過協商交流，對兩岸海事安全與非傳統安全合作的重大問題進行深入思考、宏觀規劃，進一步明確未來的方向和路線圖，推進兩岸合作不斷往深層次發展。
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