尤其是在島內獲得普遍肯定與支持（民調有近60%民眾支持），卻在蔡英文與民進黨的強烈反對下，馬英九不是堅定自己正確的政治主張與對兩岸關係和平發展願景規劃，而是再次陷入了他一貫懼怕綠營反對、反對就妥協讓步的怪圈，迅速做出妥協。
僅僅兩天之後就由“總統府”發表新聞稿，表示如果未來要推動兩岸和平協議，一定會先交付人民公投；若由“立法院”院會通過的提案交付公投未過，就不會推動簽署兩岸和平協議。馬英九這一公投決定簽署兩岸和平協議的舉動是非常危險的，會留下許多嚴重的政治後遺症。
首先，馬當局公投決定論的提出，很快讓自己在藍綠鬥爭中原本有利的形勢出現變化，由主動變為被動。蔡英文隨即提出未來兩岸任何政治協商都要進行公投，反將馬一軍，馬當局就沒有足夠的反對理由，從而讓公投決定論取代和平協議本身成為新的鬥爭焦點。其次，未來兩岸重要議題的協商將無法擺脫公投問題的干擾，讓兩岸無法有效進行協商與談判。
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