在兩岸簽署和平協議問題上，馬英九同樣受到來自美國的強大阻撓與壓力。據台灣媒體報道，馬英九曾想和大陸有關方面探討和平協議，結果被美國勸阻，因為美方不希望改變兩岸現狀及增加台海兩岸乃至地區變數。此後，馬英九當局謹言慎行，朝兩岸“現狀固定化”方向走（台灣《中國時報》，2012年2月28日）。美國表面上肯定兩岸關係的改善以及兩岸所做的努力，但在涉及美國重大利益（如對台軍售）與亞太戰略布局（遏制中國）上，美國則不願看到兩岸建立軍事安全互信機制與簽署和平協議，以便繼續在政治軍事上控制台灣，維持實現“以台制華”的戰略目標。
馬英九上台執政近四年，兩岸政治對話與政治協商沒有任何進展，無法有效推動建立兩岸軍事互信安全機制與簽署兩岸和平協議，不僅是因為兩岸政治互信不足與兩岸政治分歧巨大，不僅在於面臨以民進黨為代表的“台獨”分裂勢力的阻撓，而且更重要的原因是世界強權美國的幕後強烈阻撓與干擾。在台灣需要美國政治軍事保護或需要以美國來對抗中國大陸所謂的武力或軍事威脅情況下，台灣當局是不會與美國進行徹底決裂的，仍會將美國視為台灣的保護傘，在處理兩岸重大議題特別是軍事互信機制與和平協議問題上，一定要獲得美國的認可與同意，否則不會與大陸有任何政治接觸與協商討論的。
因此儘管大陸對馬當局發起強大的兩岸關係和平發展攻勢，在繼續全力推動兩岸經濟合作與文化交流的同時，釋放“逐步破解政治難題”的信息，希望兩岸從開展軍事交流、探討建立兩岸軍事互信機制的可行性，但馬當局不再有任何積極的表示與回應。儘管馬英九在“黃金十年”中提出“慎酌簽署兩岸和平協議問題”，但還是設置了重重障礙，讓未來兩岸和平協議的簽署難上加難。
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