1959年，嘉手納基地所屬美軍一架戰鬥機墜落在沖繩中部石川市的宮森小學，駕駛員跳傘，但造成17人死亡（11名小學生），二百多人受傷，成為戰後在日本最大的美機墜落事故。
由於美軍在沖繩橫行霸道，殺人、搶劫、強姦和交通肇事而幾乎不受懲罰，沖繩民眾忍無可忍，終於於1970年12月在現在的沖繩市發生了五千餘人的暴動，阻斷交通，與美軍憲兵發生衝突。憲兵開槍，而民眾則闖入嘉手納基地，放火燒掉美軍軍車七十餘輛。但這難以阻止美軍士兵的胡作非為。
美軍犯罪日方不得過問
自1972年沖繩歸還日本後，至2002年的30年間，日本全國被檢舉的166宗強姦案中，有111件為沖繩美軍所為。據日本防衛部門的資料，自1952年至2007年，與駐日美軍有關的事件事故共發生20萬起，造成的日本人死亡人數為1076人。但是，在這些事件中，被送交美軍軍事法庭的美國人僅1人，受到懲戒處分的只有318人。
這是因為駐日美軍有“治外法權”，美軍在日本所犯刑事案件，（沖繩即使在歸還日本後）不能由日方直接逮捕、審判。1953年，日本與美國簽訂密約，“除重要案件外，日本方面放棄審判權”。此後五年，日本政府一直不承認有此密約存在，但在美國國會圖書館已被發現公布。可是日本國會圖書館的有關資料至今不允許閱覽。
美軍在日本的“治外法權”更有明文規定，即所謂“日美地位協定”。規定對駐日美國軍人及家屬，美軍掌有“第一次審判權”。上述1995年對沖繩少女施暴事件的三個犯人，最終也沒有引渡給日方。
更有甚者，2004年4月，美軍大型直升機墜落在普天間基地近旁的沖繩國際大學校園內，起火引燃學校建築物。但美軍馬上封鎖現場，不允許日本警方等人員進入，直至機體殘骸被運走。據說機內裝有放射性物質容器。就連事故現場的土壤也被美軍清除。日方對此偵查了3年，連4名機上人員的姓名都沒弄清楚。
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