大多數人對於這兩個概念都比較陌生，只是基於直覺做判斷。美國信息與臨床測試研究中心(Center for Information & Study on Clinical Research Participation)做過一項調查，如果問受訪者會不會食用GMO，作肯定回答的人不到60%，但如果問他們是否接受生物工程產品，則會有80%的人願意接受。雖然實際上二者是同一種東西。這也導致了一個有趣的現象：如果你在網上想搜索轉基因的負面信息就搜索GMO，如果想搜索正面信息，就搜索Biotech。
但在全球主流科學界，對於轉基因食品的安全性並沒有分歧。國際食品和衛生權威機構以及世界主要國家的監管部門，對轉基因安全性的認識基本上是一致的：轉基因只是一種技術，並不能籠統地判定轉基因是否安全，而要針對每一個具體的產品進行安全評估。經過審核評估獲准上市的轉基因食品，其安全性跟相應的非轉基因產品一樣。
在Borlaug論壇上，歐盟首席科學顧問Anne Glover明確地表明了自己的觀點：“人類目前吃到的所有食品都是被祖先們轉過基因的，對轉基因的反對是基於迷信的拒絕。想要避免這樣的錯誤，只有相信科學證據。因為那些轉基因技術不安全的說法，背後並沒有任何科學證據的支持。”
她所說的“祖先轉過基因”是指雜交育種，雜交也會導致基因轉移，而且是“批量”轉移。轉基因則是將有用的基因定向轉移，將具有抗蟲、抗旱、抗逆境、控制產量、控制生長期等功能的優良基因“剪切”下來，再“粘貼”到要改良的作物的DNA雙螺旋鏈條上。
世界衛生組織、FDA等權威機構都表示認可轉基因食品的安全性，原因就在於，轉基因技術原理上仍是傳統育種方法的延伸，在健康、環保等問題上，轉基因並不比傳統作物有更高的風險。
最常被“反轉”人士拿來舉例的抗蟲轉基因作物，其抗蟲轉基因來自“Bt蛋白”。這種蛋白由於在昆蟲體內有特異的受體，因此能夠選擇性地殺死昆蟲，而在哺乳動物的腸道中無毒性作用。比起無差別殺死多種生物的農藥，Bt蛋白在保護生物多樣性上更有優勢。日本負責醫療衛生和社會保障的政府部門厚生省，也曾經發布一個小漫畫册子。裡面專門有一段就是解釋Bt蛋白的—為何蟲子不能吃，而人吃了會沒有問題。
而公眾對於轉基因以及FDA的認可，則主要是來自信息的公開和透明度。
Jeff Wolt認為，作為轉基因產品的最終消費者，公眾有權知道轉基因產品獲得安全證書的審評和決策過程，以及和安全評價相關的信息—轉基因產品的生產商、環境和健康評估報告等，“在無法充分獲知信息的前提下，並不難理解公眾的焦慮心理。”他說。
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