按照《赦免法》規定，特赦的程序是：“總統”本人可以自行提起特赦；“總統”也可以給“行政院”下命令，再由“行政院”轉而命令主管部（犯罪人由軍事法庭審判的，其主管部是“國防部”；其餘案件的主管部是“法務部”）進行審議；主管部也可以打報告給“總統”，請求他頒令實施“特赦”。
不過，“特赦”陳水扁卻是對馬英九爭取連任能起到“加分”作用。尤其是馬英九在去年初當選“總統”後，曾幻想當“全民“總統”，並希望在二零一二年競選連任時能獲得更高的得票率，至少是把部分原投票給謝長廷的淺綠選民也爭取過來。因此，他才有委任原“台聯黨”“立委”賴幸媛出任“陸委會主委”之舉。但經過一年多的實踐證明，馬英九依靠此類行政措施來爭取淺綠選民的意圖並不成功。或許，在二零一二年“大選”前，宣佈“特赦”陳水扁才能真正收到爭取淺綠選民，至少是可以扭轉目前部分中間選民已流失之態勢的作用。
本來，馬英九運用其“總統”權力，特赦陳水扁的最佳時機，是在二零一二年他爭取連任“總統”之前。因為倘是推至更早的時間，將會刺激一眾深藍政治人物，實際上邱毅就曾聲稱，馬英九若特赦陳水扁夫婦，他就將會翻臉。但在時間推移之後，在馬英九爭取連任之時，一方面法院已經對陳水扁做出了最嚴厲的無期徒刑判決，深藍政治人物討回了公道，心中的烏氣得以一吐為快；另一方面，馬英九的民調從當選時的過半驟降到當時的不到二成，在恢復支援度的過程中更需要收撫淺綠民心，而且當時連藍軍“立委”也主張，修法令“特別費”除罪化，倘完成立法程序就可使陳水扁當政時期的三百多名政務官，以至以往李登輝當政時期的部分政務官，都可獲得解脫，而且也能免除馬英九必須運用特權來發出“大赦令”的煩惱，並將可營造藍綠“和解”的社會氛圍，這就可為馬英九特赦陳水扁提供較好的社會環境氣氛。
但以潔身自愛自恃的馬英九，卻因自己的政治潔癖而錯過了這個機會。現在，蔡英文提出讓陳水扁保外就醫，居家治療。而據前“監委”葉耀鵬指出，是否要讓陳水扁保外就醫，這是法律與政治的衝突問題。要釋放陳水扁是屬於政治行為，但從法律角度來解讀是不可能放的；問題是在陳水扁自己，如果要政治解決，陳水扁就必須先承認自己是錯的，但是他一直到現在都沒有承認錯誤，在他不承認錯誤之下，馬英九就將難以做出這個決定。何況，按照台灣地區的獄政制度，之所以允許“保外”，就意味著這個人已經到了臨死狀態，為了不讓受刑人死在獄中，就讓他以“保外就醫”的名義，讓他能夠避免死在獄中，而不是讓他“出去把病醫好”。 |
