在空中和導彈防禦方面，兩國要發展早期預警能力、協同配合能力，做到網絡覆蓋和信息及時互換，并確保能够應對彈道導彈“威脅”。在海上安全方面，兩軍要通過開展情報、監測、偵查以及訓練、演習等方式確保兩國在海上的存在。兩軍還要通過多種途徑來保護彼此的資產。《指針》還提出，兩軍要在日本境內外開展訓練和演習，增強協同作戰的能力、持續作戰的能力和合作的意願。在後勤保障方面，兩軍要提供多種後勤供給，包括但不限於：供給、維修、運輸、工程設計、醫療服務等。此外，兩軍還要提升和共享安全領域的裝備。
針對“日本和平安全遇到潛在威脅的時候”的合作，《指針》毫不掩飾地指出，所謂構成“潛在威脅”的“威脅源”，不受地理範圍的限制。
應對這種局面，《指針》明確要求，啓動聯盟合作機制，兩國政府采取以下措施，但不僅限於此：合作進行非戰鬥人員的撤離以及盡早將兩國在第三國的非戰鬥人員撤離出來；加強海上安全合作；如果有大批難民湧入日本，兩國政府要對他們進行救援；開展搜救工作；共同保護兩國的設備；兩軍要提供多種後勤供給，包括但不僅限於：供給、維修、運輸、工程設計、醫療服務等；兩國政府根據情況使用各種裝備，包括民用航空、船舶等。
提前預警、合作快速反應、保證平時的軍演與訓練、應對彈道導彈襲擊、監測“威脅源不受地理範圍限制”，這意味著日美兩國的軍事合作在平時就要注意一體化的構建，也意味著兩軍將開展某種“先發制人”的“防禦戰術”。
《指針》對“日本遭遇武裝襲擊”時，兩國政府、兩軍如何開展具體合作進行了全面部署。
首先，在預計到對日武裝襲擊行為將要發生時，兩國政府要進行信息、情報共享，開展警務磋商，給予必要回應。兩軍要開展必要的雙邊合作，包括必要的軍事演習。日本要建立和保持對美國參與聯合行動軍隊的供給。在這一過程中，兩國政府要做好以下准備：共享、共同使用各種裝備；多種後勤供給；增強美國在日裝備的保護能力等。
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