朱之文曾有一番“頂天立地”的理論，“頂天”指的就是要面向國家戰略需求與科學技術前沿，解決關係國計民生和國家安全的重大科技問題，“立地”就是要面向國民經濟建設和社會發展的主戰場，從現實的緊迫需求出發，切實解決生產、生活中大量的科技問題。
朱之文在廈大時大力推動大學和央企合作，他曾概括說，與央企的戰略合作，是高水平大學提升核心競爭力，服務國家和區域發展的必由之路，有效地打開了學校進入國家科技創新前沿的戰略通道。在復旦大學時，朱之文秉承這一理念，他表示“高校要服務國家”，高校的科技創新要更好地跟經濟社會的發展契合起來，利用高校的優勢，為國家經濟社會發展解決一些重大問題。在這一理念下，復旦大學於今年11月22日正式成立中國研究院，朱之文出任復旦大學中國研究院理事長。中國研究院院長張維為稱，中國研究院的成立是一個標誌，“中國學界為西方學術和西方話語當‘傳聲筒’、‘打工仔’的時代即將終結”。
“沒有一流治理，難有一流大學”
朱之文還強調“大學的治理”。2014年5月，朱之文在《人民日報》上撰文稱，“沒有一流治理，難有一流大學”。他表示，只有深化決策體系改革，健全大學的內部治理，大學發展才能真正建立在科學民主管理基礎之上，建立在貫徹黨的群眾路線基礎之上，中國特色的現代大學治理體系也才能不斷完善。深化決策體系改革，就是要通過一定的組織形式，充分發揮教授治學的作用，充分發揮師生員工參與民主管理的作用。具體來說，學術領域的事務要交給各類學術組織去審議、評定；涉及師生員工切身利益的重大問題要充分聽取各類群團組織的意見，提交教代會審議和通過；一些專業性比較強的問題要充分聽取各類咨詢機構的意見；學校的重大發展規劃、重大改革方案、重大決策舉措，要廣泛聽取師生員工意見，加強與各黨派各團體各組織的協商，著力構建一個科學民主的決策體系。
朱之文的理念給復旦員工留下深刻印象。“他講政治，顧大局，善於在紛繁的工作頭緒中化解難題；謀戰略，重學術，提出學科建設要適應國家戰略、社會需要和地方建設，不再只坐在書齋中論道。”前述復旦教授向南都記者表示。而就個人風格而言，朱之文“平易近人，很有親和力，易於溝通”。在復旦大學，他與教授、專家、學生打成一片，是“可以與你敞開心扉談的人”。
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