勞資關係是另一個爭議已久的方面，中國研修生與招聘他們來日從事技能研修的日企之間充滿了恩恩怨怨。2013年，一名在廣島縣江田島市牡蠣養殖場從事開牡蠣工作的中國研修生陳雙喜，因語言不通和面臨家變，懷疑同事說他壞話，用開牡蠣的刀殺死、殺傷8人，轟動一時。
此外，研修生還面臨著在工作中受到不公正對待、工傷事故高發、超負荷加班導致“過勞死”等狀況，其中中國研修生所占的比例最高。
據日本法務省統計，截至2014年，日本約有17萬外國研修生主要從事著建築業、農業和漁業勞動。大部分研修生從事著被日本人稱作“三K”，即艱苦、危險、肮臟的體力勞動，並不存在技術成分。而2015年，日本有近3000家外國研修生工作所在單位存在著違反勞動法令的行為，創2003年首次公布違法單位統計數據以來歷史最高紀錄。對此，在日中國研修生表示擔憂。
逃離：一年失蹤5000人 依靠手機另謀出路
夢想與現實的差距，艱苦的工作條件，極低的報酬，種種因素，讓不堪忍受的研修生們紛紛逃離“地獄”，另謀出路。有一部分研修生受到中介高工資誘惑轉移工作地點，也有一部分逃離惡劣的勞動環境情況，因此而“失蹤”。
這些失蹤的人當中，估計非法滯留情況居多。也有的研修生失蹤後申請難民認定，獲得特別在留資格的情況。還有一部分中國研修生利用智能手機的社交軟件互通信息，尋求待遇更好的打工去處。
按照規定，當有研修生失蹤後，雇用研修生的企業需要向管理局匯報。據統計，從2012年至今，研修生的失蹤人數逐年激增，2015年預計超過6000人，其中中國人占的比例最大。
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