在明清時期，我國政府對南海諸島實施管轄的機制更加完備，一方面繼續將南海諸島明確地納入版圖，並置於廣東省瓊州府萬州轄下。另一方面持續實施水師巡視，明朝設立巡海備倭官和海南衛，清朝設立崖州協水師營，負責對包括南海在內海域的巡視和軍事戍衛。
20世紀70年代以來，我國國家文物局及廣東、海南的文物部門先後組織了多次考古調查和挖掘，在南沙群島部分島礁及其海域發現了中國人民生產、生活的大量遺跡、遺物，包括不同歷史時期的陶器、瓷器、銅器、鐵器、石器、錢幣、象牙、石雕等以及土地廟、墓碑、水井、茅屋、石碑、人工種植的椰樹等等，這些遺跡遺物是我國人民在南海諸島長期生產、生活的歷史寫照，反映了我國人民航行南海並開發、利用南海海域的歷史事實。
近代以後，外國人擅闖南海諸島時，早已有中國人居住在一些島礁，外國航海者了解到一些漁民使用的地名，並將其按照漁民的海南島方言語音拼寫成英文或其它文字標記於海圖，長期沿用下來。比如1923年英國海軍部出版的《中國海指南》一書中所載Sin Cowe 和 Nam Yit，即源自我國漁民所稱的秤鈎峙和南乙峙。該書還記載，在安波沙洲發現有中國人的“陋屋之遺跡”；“地薩島（即今鄭和群礁），海南漁民，以捕取海參、貝殼為活。各島都有其足跡，亦有久居岩礁間者。海南每歲有小船駛往島上，攜米糧及其它必需品，與漁民交換參、貝。”並記載太平島“常為海南漁民所栖止，捕取海參及貝殼等”。
1909年廣東水師提督李准奉命前往西沙群島巡視，不僅在島上開展了物產調查、測繪等工作，同時對西沙14座島嶼予以命名。
1933年法國殖民者非法侵占南沙島礁，製造了“九小島事件”。此舉引起中國政府及社會各界的一致抗議。7月26日國民政府外交部致電法國政府提出嚴重抗議，指出南沙群島“僅有我（國）漁人居留島上，在國際間確認中國領土”。8月4日向法國駐華公使提出對法國所謂主權宣告保留權利的外交照會。
民國時期，中國政府核定、重定了南海諸島名稱。1934年內政部水陸地圖審查委員會公布“關於我國南海諸島各島嶼中英地名對照表”，列出南海諸島132個島礁灘洲名稱。
1935年，水陸地圖審查委員會出版《中國南海各島嶼圖》，這是民國政府出版的第一份具有官方性質的南海專項地圖，此後中國的各類地圖對南海諸島的標繪更為嚴謹、詳盡。僅1935年4月至1948年，我國國內出版的各類地圖中，至少有60種完整標繪了南海諸島。水陸地圖審查委員會對南海諸島名稱、地圖的審核與公布，是中國政府對南海諸島所實施的有效管轄。
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