1979年4月，國家科委、國防科委批准在原子能所增建一套從美國引進的串列加速器及其輔助工程，在包括先生在內的專家努力下，1988年12月，北京串列加速器核物理國家實驗室在原子能研究所成立，王淦昌親自主持了有美、英、德、法、日、瑞典等11個國家共150多人出席的國際會議，為串列加速器上首批設置的課題贏得了國際聲譽。
早在1964年，王淦昌就提出了激光引發氘核出中子的想法。這一想法在當時是一個全新的概念，該想法後來還引出慣性約束核聚變的重要科研題目。慣性約束核聚變一旦實現，人類將徹底解決能源問題。1978年9月，王淦昌回到原子能研究所剛剛兩個月，就組織以王乃彥為首的18位自願報名的同志，建立了強流粒子束實驗室（強流粒子束與激光研究室前身）。1981年建成一台1兆伏強流電子加速器，1982年開始打靶實驗。王淦昌領導設計的這台1兆伏強流電子加速器，不僅當時是國內首創，在國際同類加速器中也處於先進水平。
1985年，王淦昌又及時把研究方向轉向氟化氪激光聚變研究。王淦昌親自參加研究方案的制定，對關鍵技術開展預研。1996年1月，激光輸出能量達到了276焦耳，後來又達到四百多焦耳，使我國准分子激光研究步入了國際先進行列。
“先生始終立於科學研究的前沿。90歲高齡時，先生仍堅持每周來研究室聽取工作匯報，了解實驗進展情況並進行指導，終生戰鬥在科研第一線。”郭冰說，先生嚴謹治學的工作態度、不斷創新的科研精神、永不枯竭的研究熱情，時刻激勵著年輕一代的科研工作者。
1984年，德國西柏林自由大學授予王淦昌獲得博士學位50周年榮譽證書。這個被德國人趣稱為“金博士”的榮譽，是專門為獲學位50年後仍站在科學第一線的科學家們設立的，王淦昌是享有這一榮譽的唯一中國人。
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