（一）“官僚主導”政策過程沒有明顯改變
日本智庫得不到“可持續發展”固然有多種原因，但人力財力以及政策環境的制約是最根本的原因。歷來人們都把官僚機構雲集之地“霞關”看成日本最大的智庫，日本官僚的優秀素質也確實使他們能夠肩負起“政策立案”的重任。明治維新以來，日本具有政策立案能力的組織非行政機構莫屬。特別是戰後經濟高速增長期間，日本的官僚制度顯現出非凡的優越性。即便是經歷了民主黨執政期間對官僚機構實行的“大掃除”，官僚掌控政策制定過程的態勢仍然沒有實質性改變。因為日本的官僚素質較高並且對以往政策以及政策制定過程了如指掌，日本又是一個等級森嚴的社會，不要說民間智庫很難有機會介入，就是官邸和政治家想主導政策制定都不是一件容易的事情。鳩山由紀夫首相“不信邪”就吃盡了苦頭，當然，他的阻力不僅僅來自官僚，更來自美國盟友的“不信任”。
自民黨和民主黨分別成立於2005年的政黨智庫——“日本智庫2005”（自民黨）和“公共政策平台”（民主黨），在政權兩次輪替之後都銷聲匿跡了。其實，自民黨內部早就有類似智庫的“政策集團”（如中曾根康弘的“政策科學研究所”、宮澤喜一的“平河會”等）。政策集團作為自民黨內部的小集團，既是派閥形成的基礎與發展條件，也發揮著政黨智庫的作用。自民黨長期執政，為彌補政策轉換的空白，各派閥的“政策集團”就替代智庫起到提出政策構想的作用。“政策集團”不僅提高了各派閥成員的政策水準，也為各派閥在組織上網羅了人才。同時，黨內派閥鬥爭的結果，也使其獲得或失去參與決策的權力。不過，無論哪個政黨執政，“政策立案”的機會都在官僚手中。
（二）趨於保守是日本智庫發展的基本特征
其實，在野田執政期間，民主黨在政治上就已經向右轉。自民黨重新奪回政權後，日本保守陣營的力量得到壯大和發展。安倍晉三第一次執政期間就非常重視教育和安保兩個領域，但其保守的政策主張隨著他的下台而變成空想。重新執政後，安倍便大刀闊斧地在這兩個領域實施他的政策主張。保守政權打造的政策環境，必然要影響到智庫的研究內容和政治立場，保守智庫紛紛提出偏右的政策主張，為安倍的“新日本主義”執政理念提供政策依據。像岡崎久彥、中西輝政這樣的右傾文人便成為安倍首相倚重的智囊。
2012年是日本智庫發展的轉折點。這一年，不僅智庫的數量下降到冷戰結束時的水平， 政治立場趨於保守化也成為此後日本智庫發展的基本特征。前述日本國際論壇、國際問題研究所以及世界和平研究所在2012年到2016年期間提出的相關報告書和政策建議就是日本智庫趨於保守化的明顯例證。
另外，像平鬆茂雄、櫻井良子、渡部升一這樣的右傾智囊更是著書立說，煽動日本民眾反華，鼓動政府制定反華外交政策，惡化了日本的政策環境，也破壞了中日關係的順利發展。櫻井良子主導的民間智庫“國家基本問題研究所”提出的研究成果中，充斥著反華言論和對歷史問題的錯誤認識。儘管她主導撰寫的報告書對政府決策影響有限，但保守智庫能起到煽動輿論干擾政策環境的負面作用，日本有一批這樣保守的民間小智庫。即便是官方、半官方以及民間較大的智庫，從2012年以來的研究成果看，其保守傾向也是明顯的。隸屬防衛省的官方智庫“防衛研究所”不僅是“中國威脅論”的發源地，近年來在加強對華研究的同時為日本政府提供的有關中國研究成果逐漸趨於右傾化。
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