在學科建設方面，魏後凱表示，建所40年來，農發所人始終堅持腳踏實地、砥礪奮進，持續跟蹤把握國家重大需求和國際前沿動向，不斷調整完善學科體系，優化提升人才隊伍結構，現正以嶄新的面貌勇攀國內外學術高峰。40年來，農發所下設研究機構根據國家需求進行了多次變更。目前，農發所設有鄉村治理、農村組織與制度、城鄉關係與發展規劃、農村產業經濟、貧困與福祉、農村環境與生態經濟、農產品市場與貿易、農村金融、土地經濟與人力資源、農村信息化與城鎮化等10個研究室，並設立了“農村發展經濟學”優勢學科和“農業現代化”、“貧困與福祉研究”兩個重點學科，在合作經濟、生態經濟、鄉村治理研究等領域形成了學科優勢，學科體系更加完善。同時，科研人才隊伍的年齡結構、知識結構也更加合理。全所現有在編科研人員中，83.1%擁有博士學位，40歲以下占41.5%，擁有在任博士生導師20人。
在學術成果發布方面，魏後凱談道，建所40年來，農發所人始終堅持求真務實、大膽創新，在深入實地調研的基礎上，提交了一系列政策建議，編輯出版了系列研究報告和兩個核心期刊，不斷打造國家“三農”研究高端智庫品牌和學術平台。40年來，農發所的專家學者通過多種途徑，向中央提交了大量的政策建議，為中央決策、有關文件和法律制定提供了理論支撐。從1993年開始，農發所先後組織編寫了《中國農村經濟形勢分析與預測》、《中國農村發展報告》和《中國扶貧開發報告》，其中，《中國農村經濟形勢分析與預測》已連續出版26本。目前，這三部年度報告已經成為海內外了解中國“三農”問題的重要窗口，也為有關部門決策提供了重要參考。2016年9月，在院黨組的關懷下，依托農發所成立了中國社會科學院城鄉發展一體化智庫，並創辦了《研究專報》，編輯出版了《中國“三農”研究》。在期刊建設方面，農發所現有《中國農村經濟》和《中國農村觀察》兩個期刊。近年來，通過規範流程、實行“雙匿”制度、舉辦征文學術研討、擴版等措施，兩刊的學術影響力和社會影響力持續提升。
在學術交流方面，魏後凱說，建所40年來，農發所人始終堅持兼容並包、開放合作，多渠道搭建各種平台，廣泛開展學術交流，發揮學術引領作用。由農發所發起並主導的全國社科農經協作網絡大會，至今已召開14屆年會。農發所主管的6個全國性學會（包括中國林牧漁業經濟學會、中國國外農業經濟研究會、中國生態經濟學會、中國縣鎮經濟交流促進會、中國城郊經濟研究會、中國西部開發促進會）和2個院級非實體研究中心（包括中國社會科學院貧困問題研究中心和生態環境經濟研究中心），搭建了專家學者、企業家、政府部門之間的交流平台，在推動學科建設以及農村改革與發展中發揮了積極作用。農發所還先後與哈佛大學、斯坦福大學、芝加哥大學、牛津大學、劍橋大學等世界著名高校，與聯合國開發計劃署、國際農發基金、世界銀行、亞洲開發銀行等國際機構，以及日本農林中金綜合研究所、韓國農村經濟研究院、波蘭科學院農村和農業發展研究所、意大利國家農村發展研究所等科研機構開展了廣泛的合作，國際學術交流遍及五大洲。
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