反艦彈道導彈在發射時裝填由遠程偵察系統（衛星、無人機）提供的目標數據。如果在戰時可部署超過20枚偵察衛星，就可做到每半小時更新一次目標數據，並由天波雷達進行實時跟蹤，這樣對目標定位的最大誤差不會超過22千米（“尼米茲”級航母35節航速下20分鐘航程），這足以滿足導彈發射的需要。
導彈進入距離目標200－350千米的高空制導段時，目標最大可偏離初始定位位置11千米（“尼米茲”級航母35節航速下10分鐘航程），系統誤差達到15－38千米，如果不加修正目標可能脫離導彈低空機動範圍。對此導彈可以由下一顆經過目標區的衛星提供目標坐標，也可通過被動雷達或者多模態微波觀測儀自行探測，假如雷達的測向精度達到1°，定位誤差就是3.5千米，遠遠小於彈頭的末端機動範圍。
在距離目標60千米的低空制導段，彈頭速度降低到6馬赫以下，可使用主／被動雷達、紅外制導頭搜索目標，這時彈頭高度約20千米，有約20°－40°的俯視角，雖然會受到海面雜波的強烈干擾，但航母不是飛機、導彈等低空小目標，它的雷達反射截面積高達十萬平米，其雷達特征與海面雜波差別巨大，普通的頻率捷變的單脈衝體制的主動雷達也可以發現目標，如美國“魚叉”導彈在末端躍起攻擊時就有20°的俯視角。
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