美軍高層認為，憑借常規武器即可取得攻擊古巴的勝利，陸軍部隊沒有必要配備戰術核武器。美軍地面部隊甚至沒有做好防範蘇方首先使用核武器的充分準備。美方高層不知道的驚天內幕是，蘇聯不但已經在古巴部署了配備核彈頭的中程導彈，而且還部署了100餘件戰術核武器，足以令攻擊古巴的美國陸海軍部隊瞬間全軍覆沒。根據俄方解禁的絕密檔案，在戰略核武器方面，蘇聯已經在古巴部署了三個中程導彈團，24座SS-4中程導彈發射器，共有42枚導彈，射程2080公里，可以打到華盛頓和紐約，配備核彈頭36個，每一個核彈頭的爆炸威力是廣島原子彈的71倍。
蘇聯還打算在古巴部署兩個中遠程導彈團，16座中遠程導彈發射器，24枚導彈，射程3700公里，可以打到90%的美國城市，核彈頭威力100萬－200萬噸當量。但是，在美軍開始海上封鎖行動時，一個SS-5導彈團的發射器以及兩個SS-5導彈團的全部核彈頭尚未抵達古巴。
按照規定，沒有莫斯科的批准，駐古蘇軍沒有發射核武器的權力，但是赫魯曉夫授權指揮官在與莫斯科失去聯繫的危急關頭臨機決斷。蘇軍的核導彈沒有配備電子鎖定系統，無法避免未經授權、擅自發射的可能。蘇軍在古巴的微波通信設施尚未竣工，無線電通信極不穩定，來自莫斯科的信號時而良好，時而根本聽不清。核導彈的發射機制，實際上由每座導彈發射器的指揮官自行控制。
麥克納馬拉獲悉上述信息後，感到極度震驚：“這太可怕了!”如果美軍空襲或入侵古巴，有99%的可能性觸發核戰。美軍不可能在遭到核攻擊後不使用核武器反擊，而且很快會升級為全球核大戰，“後果將是一場空前的核浩劫”。
最後，10月27日“黑色星期六”突發三起意外事件，差點觸發核大戰。當天早晨，美軍一架U-2戰略偵察機在蘇軍中程導彈陣地上空反覆偵察，被薩姆-2防空導彈擊中後墜毀，飛行員當場死亡。消息傳到美國空軍司令部後，鷹派認為，蘇軍公開挑戰，主動打響了古巴危機的第一槍，美軍絕對不能示弱。美空軍將領決定出動F-100戰鬥機空襲蘇軍防空導彈陣地。作戰方案上報國防部和白宮後，肯尼迪總統考慮再三，最後否決了軍方的空襲計劃。這是其一。
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