反對派控訴道，這一協議將禍及台灣的各個產業，也會讓台灣人民的工作被大陸人搶走。
馬英九政府正在嘗試通過突出協議對於金融業、電訊業、娛樂業、保健業、旅遊業以及信息技術業的積極影響來竭力爭取實業集團們的支持。台灣政府早就該通過採取這樣的措施，來確保協議能在“立法院”通過了。此前馬英九政府也已表示，政府已預留出33.8億美元用於幫助島內產業升級以及員工技能培訓。
毫無疑問，台灣將從ECFA中獲益良多。事實上，台灣也需要通過改革來讓其經濟變得更具競爭力。台灣與新西蘭在今年7月簽署的“經濟合作協定”（ANZTEC），會令台灣於2025左右正面迎接貿易壁壘全面移除的挑戰。與此同時，台灣與新加坡還尚未簽署的“自貿協議”同樣也會給台灣施加壓力，令其擺脫自身的貿易保護主義，從而能夠在全球化的世界中進行競爭。
台灣也意識到，如果不參加包含更多國家的“自貿協議”，例如區域全面經濟夥伴關係協議（RCEP）或者跨太平洋夥伴關係協議（TPP），必將前途黯淡。
與新西蘭簽訂“經濟合作協定”展現了馬英九判斷的正確——一旦台灣與大陸簽署ECFA，北京也會允許台灣與其它國家簽署“自貿協議”。而且，新西蘭同大陸也簽署了自貿協議。如果台灣被排除在由它的貿易夥伴們所建構的自貿協議網絡之外，它會發現其自身的競爭力將變得越來越弱。例如台灣主要的競爭者之一韓國就擁有幾十個自由貿易夥伴，其中還包括同美國與歐盟簽署的。在一個自己出口被徵收15%的關稅而競爭對手卻能得以豁免的世界中，台灣是完全無法生存的。
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