受服貿風波的影響，此時的國民黨已經深陷困境。一方面，反服貿運動使馬當局的執政地位受到巨大衝擊，“內閣”甚至一度都有下台的危險。在學運的衝擊下，國民黨內部的分裂顯得更加嚴重，特別是馬王之間的矛盾不能彌合，國民黨在“府”、“院”步調更加零亂，內部整合困難重重，再加上民進黨趁火打劫，加大批馬打馬的力度，國民黨施政雪上加霜。
學運暫告一段落後，國民黨接下來面對的最大考驗當屬兩岸協議監督條例的“立法”事宜。因民進黨堅持採用具有“台獨”色彩的民間版本，鑒於目前國民黨在“立法院”名存實亡的多數優勢，就算民進黨的版本不會通過，也難免會有若干“台獨”條文列入條例當中，為兩岸關係製造新的障礙。更為嚴峻的是，國民黨能否頂住“台獨”勢力的攻擊，能否抗住民進黨政治鬥爭的壓力，避免一洩千里，成為其生死存亡的重要一關。
從大陸的角度而言，因馬英九當局始終力挺服貿，而且國共兩黨對於“九二共識”和“一中框架”存有政治共識及互信基礎，因此大陸依然會堅持國共兩黨保持良性互動，希望兩黨及兩岸雙方共同努力，克服當前兩岸關係的困難，將兩岸關係和平發展大局維護好、發展好。因此服貿風波雖然對兩岸關係產生衝擊，但對國共兩黨的政治互信基礎並未產生根本性的動搖，國共雙方依然會繼續發展良好關係，增進交流合作，推動兩岸關係發展。
另一方面，如果馬當局不能夠很好地處理服貿後遺症，這對國民黨“七合一選舉”甚至2016“大選”都將產生不利影響，台灣政治版圖或有可能“藍綠變天”，對台灣政治格局和兩岸關係發展將產生重大影響，這是大陸密切關注之處。總體上，國共兩黨仍然會在政治互信的基礎上不斷前進，但如何處理服貿風波衍生的一系列後續問題，如何推動兩岸關係克難前行，穩步前進，是雙方面對的重要挑戰和任務。
對於民進黨在反服貿運動中的角色及言行，大陸早有準確、清晰的定位和把握。對民進黨的“台獨”本質，大陸更是嚴厲批判，沒有絲毫退讓。學運過後，民進黨馬上面臨黨主席選舉。從這個角度來講，操控學運大搞政治鬥爭，民進黨意在為黨主席選舉營造政治氛圍，同時也為年底地方選舉拉抬聲勢。在反服貿運動中，民進黨大搞“台獨”及“仇中反陸”，為接下來的黨主席選舉定下了政治基調，即黨內激進派已經在一定程度上占據了上風，而其他主張兩岸交流的務實派已經有弱化的趨勢。
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