“國史館”館長吳密察說，“國史館”作為政府機關，不能自排於法律之外，因此，第一步是要回歸法制、依法行政，第二就就是尋求改善，更為便民，這是基本的原則。
針對吳密察的說法，台灣有評論指出，“國史館”身為政府機關，守法無可厚非，但當現有法規遭人詬病是落伍封閉時，身為執掌單位，自然也有職責主動檢討，修改規範，讓其更符合國際潮流與人民需求。
“關心及捍衛學術自由的學術人”連署書指出，“國史館”典藏檔案對世界各界人士開放，為歷任館長所推行之閱覽政策，例如該館閱覽量最大的《蔣中正“總統”文物》，自正式對外開放後，即使歷經兩次政黨輪替，在幾位館長的努力下，“國史館”典藏的檔案史料，以各種方式提供各界閱覽或運用，對於研究者探尋歷史事實有莫大之貢獻，亦促進了民國史及戰後台灣史的研究發展。
喬治·奧威爾在《1984》中寫道，“誰控制了過去，誰就控制了未來；誰控制了現在，誰就控制了過去。”“國史館”此舉意圖何在？南京大學歷史學院教授、台灣研究所所長劉相平認為，此次吳密察推出“新制”，阻滯“中華民國”史”研究是直接目標之一，其背後目的則在於進一步建立台灣的“主體性”，利用掌握資料之便，根據自己的個人喜好和台灣政治氛圍的變化，“翻手為雲、覆手為雨”，推行“去中國化”，充當“文化“台獨”的急先鋒。
吳密察表示願意推動解套，以“平等互惠原則”，與南京的中國第二歷史檔案館進行“機關與機關”的檔案交換閱覽。
北京國際關係學院公共管理系副教授于強對中評社表示，兩岸的聯繫現在基本上已經停擺了，吳密察說要和南京的中國第二歷史檔案館建立互惠關係，等於是在兩岸兩會完全中斷的情況下，去找一些比較低階的官方機構去建立聯繫，意圖從下往上推動兩岸交流。
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