高育仁指出，兩岸在經濟事務之外，必然也會涉及其它層面的事務，他認為，台灣怕大陸，並非生存之道，台灣應該在保有主體性、保有優勢之下，與大陸真誠合作，而且以大陸今天之大、之強，“讓利”給台灣是理所當然的。
高育仁分析，從過去400年的兩岸關係史來看，大陸是虧欠台灣的，例如台灣曾經是反清復明的基地，鄭成功當時顯然認為台灣是中國的一部份，但當時的中國，卻對被荷蘭人佔領的台灣棄之不理；1895年中日甲午戰爭，中國戰敗後把台灣割讓給日本，當時台灣已經有一、兩百萬中國人，卻沒有被徵詢願不願意成為日本人？
高育仁強調，歷史的問題應該去撫慰、療傷，如今兩岸和平發展的大方向，是兩岸都可以接受的，兩岸應該好好珍惜。在兩岸簽署ECFA，並將成立“經濟合作委員會”之後，他建議也應該試著成立“和平發展委員會”，來研究處理經濟合作以外的事項，包括教育、文化、社會、法律、政治、軍事互信等問題。
高育仁日前推動成立“兩岸及區域和平研究發展中心”，請來馬英九親自為該中心揭牌，並延攬前“政務委員”朱雲鵬擔任召集人，主要目的之一，也是希望推動兩岸成立“和平發展委員會”。高育仁表示，到了一個成熟階段以後，他希望兩岸能簽署為期30年到50年的和平協議，這等於也把兩岸和平發展機制化，就如同ECFA把兩岸經貿關係機制化一樣。
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