他強調，台灣這些年來在南海海域方面，都沒主張限制自由航行與飛越，而是主要主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發，在南海地區的島嶼島礁非常多，一方面涉海洋法，也涉領土的國際法，解決問題時要以更宏觀的角度，以東海的經驗做參考；希望未來南海問題解決中，能完全參與，在解決問題方法上，一方面參考東海和平倡議，另方面以和平方式解決爭端。
他表示，現在南海海域上，越南佔有29島，大陸佔13個、菲律賓10多個，還有馬來西亞與“中華民國”的島嶼，主權問題一定非複雜、困難，大家應有基本共識，不希望武裝衝突，以和平方式溝通逐漸建立共識。
馬英九指出，大陸國台辦主任張志軍6月訪台時，雙方就互設辦事處、人道探視、雙方經濟合作，乃至貨貿協議談判在9月初恢復，證明雙方關係一直穩定進行，大陸雖是台灣第一大出口與第一大進口地，雙方經貿關係不斷成長，但台灣對大陸出口較民進黨執政時還略有下降，因為他執政後努力分散出口地。他希望未來繼續與其他國家在協商，與台灣簽經濟合作或夥伴協定，這與參加TPP及RCEP並不衝突，雙邊與多邊協商可以同時進行。
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