柯玉枝說，兩岸漁業合作目前有小規模在做，但是官方不方便介入，所以資源非常有限，大家還在討論兩岸政府在其中扮演何種角色，效果非常小，兩岸民間合作因為如此，零星而沒有延續性。
柯玉枝說，但是兩岸民間合作可以共同彰顯對南海海域的主權，有固有的權益要維護，才可以從國際法的角度表達兩岸在這個議題是聲索方，大陸應該去突破的一個思維是，兩岸在什麼名義之下在這方面合作，否則民間合作很難找到資源，她認為應該讓台灣在南海爭端中參與成為一個可以對話的角色，如果大陸這一點沒有放，兩岸民間合作是走得很辛苦，大陸的態度是一個癥結。
柯玉枝形容大陸希望台灣在東海與南海合作扮演的角色，是他背後的一個女人，“你告訴我，我去幫你講，大男人主義。”她表示，但這是不可能的，因為在台灣沒有一個政府或政治人物，敢做這一個承諾，給你來看資料，資料都給你，先兩岸後國際，台灣只要給資料就好，由大陸在國際出面，所以這是兩岸民間合作最大的困難，而且雙方對資料的解讀也不會一樣。
柯玉枝說，所以如果認為兩岸民間合作是必要的，在立場上就要理性務實，根據她的了解，大陸在“中華民國”這個議題已經在探討了，她則認為可以務實先跳開這個議題，先在討論南海的會議、論壇上，包括南海行為準則，讓台灣的單位有一個跟大陸去參加的單位的平等地位，才有辦法去合作，現在連這個都很困難。
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