回溯二O一O年九月“兩岸經濟合作架構協議”（ECFA）生效後，兩岸雙方隨即展開經合會組成之協商。經過數個月的努力，總算召開首次例會，展現具體的成果，雙方在談判桌上，也有默契地互不否認，針對實質專業性問題進行討論。
在其協商過程中，也突顯兩岸各自立場及堅持的地方，特別是在服務貿易、投保與爭端解決等方面仍待兩岸經合會的努力及協商；另外，在台灣出口到大陸的產品，也仍有許多產品需要兩岸協商來降低關稅，因此兩岸經合會的角色格外重要，被外界寄予高度的期待。
然而，兩岸經合會也面臨到一些挑戰，首先，便是針對經合會的層級問題，有心人士質疑其是太上皇機構，但海基會一再保證，經合會功能絕對不會超過兩岸經濟協議架構，況且經合會屬於兩會之下，因此並不會架空兩會或產生疊床架屋之情況，畢竟兩會具有重要的簽約指標性象徵意義，經合會只是落實相關任務，是個溝通平台，是在ECFA架構下成立的機構，倘若在解決雙方針對ECFA問題上需要另簽協議，屆時一定會依法送“立法院”備查或審查。
其次，由於兩岸事務性質的特殊，使得經合會必須參酌許多例子，包括北美自由貿易區、東盟、歐盟及CEPA等經驗，其目的無非是要避開兩岸敏感的政治問題，但經合會正式運作後，是否真能避開這些極具爭議性的主權問題，恐怕更需要兩岸當局的智慧及用心來呵護這得來不易的結果，有默契地雙方都跳脫意識形態的制約，如此方能使兩岸間經貿關係能夠健全及永續性發展，共創雙贏局面。
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