平潭實驗區只是兩岸溝通交流中的一環，其中的難處深究起來，無非還是政經問題，政治該如何定位？經濟該如何發展？平潭實驗區是否只是一個單純的經濟議題？還是牽涉出一連串的政治考量與聯想？連帶產生一連串的恐懼及疑慮，說穿了，兩岸互信基礎不足，不足的原因是因為雙方都堅持各自立場與本位；兩岸法令與制度亦無對接，當然會使平潭實驗區困難重重。
當然 平潭實驗區若從發展角度來看，對兩岸絕對具有正面的作用，雙方都可以在資金、技術、人才方面進行合作；但所帶來的政治效應與連鎖反應，消除不掉的政治色彩，正是平潭實驗區的最大考驗，對於雙方利弊得失之間，究竟如何取捨，恐怕是平潭實驗區在短期難以有成果的主要原因，也是兩岸接觸過程中的無奈與悲哀。
法律問題再加上風險評估使台灣當局無法接受平潭大躍進的說法；平潭實驗區能否發揮兩岸直接往來的綜合樞紐功能也尚待觀察，互利雙贏的前提，是雙方都要能夠各自在立場中妥協，在妥協中求發展，這需要相當大的智慧，這正足以說明未來四年，兩岸恐怕在許多議題中都會觸礁，如何在觸礁中互動，學習到經驗教訓，將是相當重要的問題。
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