1997年，在中國和東盟於吉隆玻舉行的首次非正式首腦會議的聯合聲明中共同承諾，通過友好協商和談判解決南海爭議，並願意在爭議解決之前，暫時擱置爭議，開展合作。2002年，中國與東盟簽署《南海各方行為宣言》，正式確立“通過談判以和平方式解決南海爭端”。此後，中國政府主要依據這一原則處理南海爭端問題。
中國大陸在南海部分島嶼推動行政建制與管轄權雖然較早，於1959年3月起在永興島設置“西沙群島、南沙群島、中沙群島辦事處”，1988年開始派軍駐守永署礁、赤瓜礁等島礁，以行使南海主權，但總體行動遲緩，政策滯後。只是近年來，中國大陸在行使南海管轄權與彰顯主權方面才有明顯進展。2006年7月，中國海監船啟動了東海定期維權巡航執法工作後，2007年2月開始將巡航區擴展到黃海、南海北部海域；2007年12月，中國海監船實施了對包括南海南部在內的我國全部管轄海域的定期維權巡航執法。至此，我國300多萬平方公里主張管轄海域有了全天候的定期巡航行動。同時，中國政府也有漁政船的維權行動。另外，中國政府於2012年6月1日起施行《海洋觀測預報管理條例》，包括對鈞魚島與南海海域進行海洋觀測活動，是中國對包括南海在內的海上維權的另一重要行動。
由此發現，海峽兩岸大致均於上世紀90年代初開始重視南海爭端問題，並提出各自的政策主張與基本原則。海峽兩岸的南海政策主張有諸多一致之處：均強調“主權在我”，強調中國（台灣稱為“中華民國”）擁有南海主權；主張“擱置爭議，共同開發”，“和平利用”，“和平解決”；在維護與行使南海主權問題上，海峽兩岸均由軍方改為行政部門（1999年，李登輝執政晚期，為向南海爭端的外國示好，並展現台灣和平處理南海問題的立場，以降低軍事衝突為由，對太平島的防守由軍方改為“內政部”所屬的“海巡署”駐防，兵力也由原300多人降為100多人。近年來，大陸不是以軍事武力方式維護南海主權，也於2009年始改為漁政船在南海護航與宣示主權）。可見，海峽兩岸在宣示南海主權問題上比較溫和與理性。
海峽兩岸的南海政策主要差異在於，中國大陸維護南海主權的立場、態度更明確、更堅定，而且有連續性與一貫性，但台灣方面立場不夠堅定，政策缺乏一貫性，不同執政者態度有所差異；大陸更重視主權的維護，台灣更重視資源的開發與生態環境保護；大陸主張與爭端方展開雙邊協商，反對多邊機制協商，台灣則主張參與多邊協商。
海峽兩岸在南海合作問題上面臨的機遇與困難
儘管在歷史上與法理上，中國擁在南海主權，但由於海峽兩岸的分裂狀態或者說海峽兩岸的政治對立，未能在南海問題上實現合作，未能有效維護中國的主權與權益。在當前兩岸關係獲得重大改善、邁入和平發展新階段的背景下，為海峽兩岸在南海問題上的合作提供了一定的條件與機遇，但同時也面臨很大的困難與挑戰。關鍵是如何化解困難，實現切實可行的合作，共同維護中華民族的利益。
（一）海峽兩岸在南海問題上合作面臨的機遇與條件
在兩岸關係持續緩和、合作持續發展、兩岸政治互信進一步鞏固的背景下，為海峽兩岸在南海問題上的合作提供了一定的條件。
1、兩岸政治互信的初步建立，兩岸關係和平發展形勢為兩岸在南海問題上的合作提供了政治大環境。相較過去兩岸的軍事對峙與政治對抗局面，海峽兩岸關係已發生了翻天覆地的變化，和解、和平、合作已成為兩岸關係發展的主流。兩岸尤其是兩岸執政黨均堅持“九二共識”，有了基本的政治互信，能夠推動兩岸關係的和平發展與兩岸合作的持續深化，當然也有助於兩岸在南海問題上的合作。尤其是海峽兩岸在南海問題上的基本立場與主張一致，有共同的法理依據，有共同的歷史依據，更有共同的目標。兩岸共同維護南海主權與權益，符合中華民族的根本利益，符合兩岸的根本利益也有著共同的對手，兩岸在南海問題上又不存在利益衝突，不存在政治障礙，只要兩岸有誠意、有決心，有意願，就可在南海問題上實現合作。
2、拓展新的合作領域已成為海峽兩岸的重要共識。在深化鞏固兩岸關係和平發展的形勢下，兩岸全面合作已成為兩岸關係發展的重要基礎與工作。在經濟合作、文化交流的基礎上，兩岸合作的領域在不斷拓寬，南海問題的合作也必會提上兩岸合作的重要議程。儘管“先易後難”、“先經後政”、“循序漸進”是兩岸推進兩岸合作的基本原則，但也同時均主張擴大合作領域，逐漸“由經入政”或“亦經亦政”或“政經並舉”。馬英九在“520”就職演說中也提出“要開拓新的合作領域”，儘管沒有明確具體的合作領域，但也顯示兩岸已不能局限於現有的經濟、文化等領域的合作，必須開拓新的合作領域。南海問題就是未來兩岸合作的重要突破口，是兩岸新的重要合作領域，而且意義重大，前景廣闊，影響深遠。
3、兩岸在南海問題上合作有重要的經濟需要，有共同的經濟利益。在南海主權爭議紛爭短期難以有效解決的情況下，南海的資源合作開發與經濟合作就顯得尤為重要。就資源與經濟層面看，南海資源豐富，有龐大的漁業資源、油氣資源與海洋生物資源等，對海峽兩岸尤其是對自然資源缺乏的台灣來說尤為重要。目前，南海爭議相關國家在南海的油氣田開發取得很大成功，獲得巨大經濟利益，而海峽兩岸雖然共同擁有南海主權，但在南海資源尤其是油氣田資源開發與利用方面嚴重滯後，成為利益的最大受害者與受損者。如果結合海峽兩岸的區位、經濟與技術優勢，如大陸擁有了新的海洋深水鑽井平台（“海峽石油981”）技術，兩岸加強合作，將為兩岸帶來巨大的經濟效益。
4、兩岸民間呼籲兩岸加強南海合作的呼聲日益高漲。上世紀90年代中期前後，海峽兩岸就開始有人提議海峽兩岸在南海問題上的合作。近年來，隨著南海爭端的迅速上升與兩岸關係的和平發展，海峽兩岸尤其是民間主張兩岸在南海問題上合作的討論與建議迅速增多。2009年11月，中共中央軍委辦公廳原主任李際均中將在台北召開的“兩岸一甲子”學術研討會上建議，在南海開發問題上，兩岸不妨先協防，共同維護中華民族的固有疆域。2010年北京“兩會”期間，軍事科學院羅援少將提出，兩岸軍人應攜手維護中華民族的固有疆域，比如共同協防南海，一旦有事，太平島上的台軍可給予大陸方面後勤補給便利；同年初中國人民大學副教授林紅在《台灣研究集刊》發表“論兩岸在南海爭端中的戰略合作問題”，提出兩岸通過協商建立南海合作機制；2011年11月，台灣金門大學教授俞劍鴻在香港媒體上撰文呼籲，“兩岸可在南海斷續線建人工島”。
最近以來，台灣中研院亞太區域研究專題中心南海研究社群召集人宋燕輝表示，台灣應善用以民意為基礎的“巧實力”，爭取美方的諒解，與大陸協商開發南海漁油氣資源；前“國安會”諮詢委員翁明賢認為，台灣應對兩岸合作處理南海問題扮演積極角色，主動促成兩岸專家到東沙島、太平島舉辦論壇，交換意見；國民黨“國家政策研究基金會”內政組副召集人李英明主張，可以考慮把南海問題列入兩岸協商議題，並成立“兩岸南海事務協調小組”，進行更高層次的討論。台灣退役中將付應川表示，“在此複雜的戰略環境中，我太平島已受到來自越南的威脅，由於我海空支援鞭長莫及，駐軍維護海疆任務甚為艱巨，除了增強防務，亦需爭取聯盟合作。由於兩岸在南海有共同的戰略利益，雖然現今缺乏軍事互信，但共軍已表態願意兩岸合作，政府應慎重考慮”。
可以說，海峽兩岸民間不斷呼籲兩岸在南海合作、共同維護中華民族權益的主張，為兩岸在南海問題上的合作增加了動力，並創造足夠的條件。
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