根據考古實證，李毓芳得出結論：阿房宮前殿遺址，就是兩千多年以前秦始皇想要修建的阿房宮遺址。阿房宮沒建成，在土台子上沒有發現火燒的痕跡——紅燒土。項羽火燒的是咸陽宮，而不是阿房宮。
說項羽沒有燒阿房宮，不僅在百姓中反響強烈，在考古界也引起震動。之後全國文物工作會議在廣州舉行。當時有兩個專家說沒發現火燒痕跡，是因為農民平整土地時，把紅燒土給拉跑了。有人說了這樣的話，李毓芳睡不著覺了，血壓也升高了。
她說，因為他們是長輩，我尊重他們，但他們脫離考古一線時間太長了，離實踐太遠，說出來的話不合乎常理。我尊重長輩但絕不迷信權威。我不怕你是誰，真理只有一個。
她所面臨的壓力和困難遠不止這些。比如，西安以前曾搞過一次阿房宮遺址考古，他們得出的結論是10.84平方公里。李毓芳得出的結論是2.4平方公里。她寫出阿房宮考古報告報上去了。當地有的領導看到了，說這阿房宮考古，怎麼把阿房宮給搞沒了？下面的工作人員迫於壓力，建議李老師能不能“修改”一下？她把考古報告發給考古網，只提了一個要求：一個字也別改。結果，只改了倆標點，全文發表。
這就是李毓芳的性格。
在有些人看來，這可能有點兒“不近人情”。但她唯一忠誠的就是科學，是真理。
她在台灣輔仁大學講座時，有個學生提問：您考古得出這個結論，得到誰承認了？她說我不管誰承認，我只知道我是通過調查、鑽探、考古，實事求是得出的結論。至於改不改歷史教科書，那不是我管的事。
讓她深感欣慰的是，中國社科院歷史所編輯出版的最新歷史書《中國通史讀本》已經採用關於阿房宮沒建成、沒被燒的結論。國家文物局已經通過了“關於阿房宮遺址的保護規劃”。確定了遺址範圍，才能確定保護範圍嘛。這等於國家正式承認了她的考古成果。正在規劃建設的阿房宮遺址公園，僅土台子上面的拆遷就涉及4個村子，台子外邊還有呢，這是個不小的工程。“人造景觀”被拆除理所當然，能夠還阿房宮本來面目，我們覺得，多年的付出，值了!
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