第二是島內“台獨”勢力的掣肘和“獨台”意識的牽制。經過李登輝和陳水扁執政時期的惡意操弄，島內“台獨”勢力坐大，“獨台”情緒成為島內民意主流。“台獨”敵視大陸，阻礙兩岸各個領域的進一步合作。“獨台”則要求凡事與大陸平起平坐，獨立自主。“台獨”直接阻礙兩岸政治對話，“獨台”則深刻影響兩岸政治對話的趨向、內容和節奏。“台獨”和“獨台”勢必長期影響兩岸關係發展。
第三是兩岸政治主張的結構性分歧。台灣將“一中”主張與“中華民國”掛鈎，要求大陸承認“中華民國”的存在；尋求與大陸對等的政治定位；尋求完全獨立的國際空間；要求大陸放棄武力統一選項等。這些要求都是大陸不好貿然答應的。大陸方面則期待通過政治對話促使台灣更加明確地肯定“一中”框架；期待兩岸通過協商合作處理國際事務；同時大陸出於防止國家分裂的考慮在國家外交和防務領域客觀上有必要維持一定主導地位，和保留武力維護領土主權的權利等。這些又是台灣所不能接受的。由於兩岸政治主張分歧嚴重，很難期待兩岸通過政治對話在近期取得具體成果。
二、從長期看，對兩岸政治對話前景可以保持審慎樂觀
既使存在上述分歧，也不必對兩岸政治對話過於悲觀。兩岸政治對話的前景主要取決於一些長遠因素。對此，應該抱有充分的信心和耐心。
第一是兩岸同屬“一個中國”對台灣釋放的利益會越來越大。這不僅表現在經濟領域，還表現在安全領域。近年來發生在東海和南海的一系列事件已經表明，由於兩岸同屬“一中”，兩岸既使沒有刻意聯手合作，只要各自堅定維護海洋權益，就可以部分達到合作維權的目的。“台日漁業協定”關鍵要歸功於大陸在釣魚島海域強力展開維權行動。由於兩岸關係的和平發展，台灣當前主要的安全威脅來自東海和南海海域，海洋權益和海洋安全對於台灣也越發重要。台灣在爭議海域的海洋權益和海洋安全，大陸是台灣主要可以借重的力量。多年來，台灣之所以能駐守太平島等島礁而風平浪靜安全無虞，除了台灣自身的防務，大陸背景始終是一個重要因素。外部勢力要侵犯台灣安全首先就要考慮大陸的反應。台灣只要保持法理“一中”，在面臨國際威脅時就可當然享有大陸的安全保護。台灣如果放棄“一中”，尋求獨立，在南海廣闊海域的權益主張既會缺乏法理和歷史的正當性，也會缺乏必要的實力支持。
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