西方的軍事互信機制思維不適合兩岸
從以上軍事互信機制的條件與功能來看，它並不適用兩岸和平發展的思維。第一、兩岸的核心問題就是主權的爭議。在台灣內部仍有主張“台獨”或“獨台”這兩種在本質上是屬於分離主義論述的存在，使得兩岸在核心問題上缺乏共識。核心問題如果沒有共識，任何軍事互信或CBMs的機制都將只是沙中之塔，是極為脆弱的。
所謂核心問題即是高度政治、敏感與不易退讓的問題。在歷史上，這些問題往往通過戰爭來解決，很難經由軍事互信或CBMs來累積解決問題的互信。從日本與俄羅斯的北方四島、日本與韓國的竹島（獨島），以及兩岸與日本在釣魚台列嶼的領土主權之爭沒有任何和解的趨勢，就可以看得出即使在太平洋或其它地區有所謂的聯合軍演或軍事互動，但是這些核心爭議如果沒有政治性的解決，軍事上的互動成果很難外溢（spillover）到解決核心爭議。
當然，我們不反對任何有助於改善兩岸關係的努力，包括低度性的軍事互信機制，例如海上人道救援、在兩岸相關領域的軍事演習事先告知、開啟兩岸安全對話管道，設立涉及軍事安全的直接溝通熱線等等，但是也必須瞭解，兩岸核心的政治問題沒有解決前，這些CBMs的功能將有限，最多僅具有象徵性的意義而已。
第二、兩岸在軍事力量的差異。1950年代兩岸之間仍是武力對峙，但是從1970年代開始，兩岸已經暫時放下了以武力做為統一的主要工具想法。冷戰結束前，1987年台灣開放民眾到大陸探親，開啟了兩岸關係的新頁。1990年代迄今，雖然兩岸有一些矛盾與衝突，但是均未使用武力。2008年兩岸進入大交流時代，關係更形密切。目前兩岸沒有發生戰爭或衝突，最重要的原因是因為兩岸均有民族主義的情懷，以及希望和平解決兩岸爭端的善意，而非是兩岸軍事力量的是否對等或美國可能會介入等因素。
由於台灣的軍事力量與大陸目前有距離，因此在軍事安全上必須依賴美國。這就讓兩岸建立軍事安全互信機制一事上產生了矛盾。既然台灣的安全必須依賴美國，那麼邏輯上說，只要美國與中共達成涉及台灣的軍事互信機制即可。果真如此，台北方面一定不願意，擔心會被出賣。另一方面，台北在與北京談軍事互信機制時，希望華府可以第三方立場並存或見證，讓台北比較有安全感，但是北京應該是不會接受這種讓美國公開介入兩岸的方式。如果我們從實力相近者才有可能形成軍事安全互信機制這個命題來看，兩岸目前希望建立軍事互信機制的思維方向似乎有些偏了。
兩岸對軍事互信機制的倡議均徒勞無功
思維方向如果偏差，自然難有結果，十餘年兩岸在軍事安全互信機制上的倡議沒有結果，正反映出了兩岸應該重新調整思維。
兩岸關係本質上是個政治問題，軍事互信只是個從屬於政治性的議題而已。軍事互信機制是台灣方面首先提出，李登輝時期即是以建立西方概念式的軍事互信為訴求。事後來看，這只是做為他對外宣傳或強化其“兩國論”的工具或說法而已。
1994年，李登輝將“一個中國”的內涵，從一個國家轉換為一個民族的概念，自此以後，“一族兩國”已是李登輝心中的兩岸定位藍圖。1999年李登輝在接受德國媒體時公開指出兩岸為特殊國與國的關係，正式表明他的“兩國論”立場。
1996年起，李登輝已經有了兩岸應該結束敵對狀態的主張，同年12月6日在“國發會議”中兩岸關係研究報告指出，兩岸架設熱線並互派代表，是結束敵對狀態並簽署和平協議的要件之一。1998年6月李登輝在接受美國《時代》雜誌專訪時表示，首度公開建議在兩岸軍事方面，應該建立某種機制，以便能在產生誤解前相互通知。大約在這段時間，台灣的國安單位與學術機構接受委託，開始研究兩岸CBMs或軍事互信，而其研究方法與內容均是以上面所提的西方國家間的CBMs或軍事互信為參考。
2000年民進黨執政，6月3日行政院長唐飛在首次施政報告中表示，為促使兩岸軍事透明化，避免誤判情勢而導致戰爭，將透過安全對話與交流，建立兩岸軍事互信機制，以追求台海永久和平。2002年7月13日國防報告書首次列出兩岸軍事交流專章，其中非軍事區初步以外島為規劃，呼籲兩岸在不拘形式、不預設立場、相互尊重下，建立軍事互信機制（頁70-71）；2004年2月3日陳水扁提出兩岸簽署“和平穩定互動架構協定”的構想；2004年國防報告書中指出預防戰爭是國防政策首要基本目標，並明確提出對兩岸建立軍事互信機制構想，包括三個階段及形成“海峽行為準則”（頁71-73）；2006年5月20日，陳水扁公佈2006年國安報告，其中強調兩岸應建立“兩岸和平穩定互動架構”，包括建立預防軍事衝突措施。
從民進黨在軍事互信機制上大力著墨，可以瞭解到民進黨希望透過西方式的軍事互信機制來凸顯兩岸的安全機制必須依照國與國關係的規則來建立。民進黨政府這樣的思維，北京應該也看得出來，特別是陳水扁在2002年提出“一邊一國”後，民進黨所有希望建立兩岸軍事互信或和平穩定互動架構的想法，注定得不到北京的回應。
2004年5月17日，北京提出“台灣領導人承認世上只有一個中國，大陸與台灣同屬一個中國，恢復兩岸對談與談判，平等協商，正式結束兩岸敵對狀態，建立軍事互信機制”。2005年3月4日胡錦濤宣示：“只要台灣承認‘九二共識’，兩岸對話與談判即可恢復，可以談正式結束兩岸敵對狀態，建立軍事互信機制。”2005年4月29日胡錦濤與連戰會談時表示要共同促進正式結束敵對狀態，達成和平協定，建構兩岸關係和平穩定發展的架構，包括建立軍事互信機制。2008年馬英九在競選期間，呼籲兩岸建立軍事互信機制並簽署和平協定。
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