震驚朝野的“朱紈案”
事態的發展並不像朱紈想象的那麼順利。
漳州百姓幾乎家家都參與走私活動，走馬溪一戰立即引發了他們的恐慌心理。每天都有數以萬計的漳州人前來圍觀被俘的走私販。百姓聽到官軍的捷報，不僅無人奔走慶賀，反而指責官軍攻擊民船，擅自殺人。朱紈在軍事上的勝利並不能根本阻遏漳州百姓泛海通番的舊習，於是，再度利用嘉靖皇帝授予其“從宜處之”的特權，未等審問明細即下令將賊首李光頭等96人斬首示眾。
然而，朱紈的斬殺俘虜、草菅人命的行為非但沒有震懾漳州百姓，反而引起朝野一片嘩然。英國漢學家博克舍在《十六世紀中國南部行記》中寫道：“百姓們都譴責他們濫殺和酷刑，因為在中國如無皇帝批准而殺人，是一件不尋常的事”。朝中眾多官僚，尤其是閩浙籍官員也極為不滿。
兵部侍郎詹榮、巡按福建禦史陳九德、兵部尚書翁萬建等人相繼上奏彈劾朱紈，罪名就是“擅殺”。對於眾人的指責，朱紈上章辯解：
“臣看得閩中衣食父母盡在此中，一時奸宄切齒，稍遲必貽後悔。漳州反獄入海，寧波教夷作亂，俱有明鑒。兵機所系，間不容發，先人奪人，事當早計，一面差官賫捧欽給旗牌馳赴軍前行事，一面具本於本年三月十八日題請。”
事實上，朱紈的辯解根本經不起推敲。從時間上看，走馬溪之戰發生在正月二十日，而朱紈直至殺了李光頭等96人之後，才在三月十八日向朝廷六報閩海捷音，說“生擒佛誣蔑郎機國王三名”等，其中必有不可告人之隱情。
事實果真如此。葡萄牙人克路士記錄了一段驚人的秘密：
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