根據杜汝楨的報告，嘉靖皇帝對朱紈案裁定如下：朱紈身負大罪，反上疏告捷。而盧鏜、柯喬與朱紈相佐，應以首犯論處，其他官員如通判翁燦；拒捕頑抗的葡萄牙人方叔擺等4人當處死，其餘佛南波二者等51名當安置；現存通番奸徒當如律發配發遣。
餘波
朱紈平寇以後，閩浙沿海的百姓並沒有過上安寧富足的好日子。恰恰相反，因為走私貿易不暢，他們的生計反而更加困難。《明史》記載：“閩人資衣食於海，驟失重利，雖士大夫家亦不便也。”而朱紈搗毀雙嶼港後，舟山的走私海商分裂成主張通商的互市派與鋌而走險的寇掠派。互市派的王直集團逃至日本平戶後，四年不再回國；而寇掠派的林碧川、蕭顯、徐海等集團則據舟山群島為寇據地，四出流劫，終於蔓延成一場曠日持久的嘉靖倭患。
在嘉靖倭患中，王直集團曾一度協助明朝政府剿滅四處劫掠的海盜，希望以此換取明朝准許自由貿易的要求。結果，海禁未開，自己卻身陷囹圄，最終身首異處。與此相反，失去雙嶼、浯嶼之後的葡萄牙人得到的是本國政府始終如一的支持。1553年，他們通過欺騙手段取得在澳門的居住權，重新建立起新的貿易網絡，並一度壟斷整個亞洲地區的海洋貿易。
1567年，堅守海禁制度的嘉靖皇帝壽終正寢。新即位的隆慶皇帝立即批准漳州月港開放海禁，准許中國商民出海貿易。鐵幕低垂的大明海疆終於從內部撕開了一道小小的裂縫，依稀透進來一線黎明的曙光。 |
