正因為這樣，蔣介石萬萬沒有料到解放軍在這時會有如此大的決心進行戰略決戰，仍在猶豫不決，舍不得放棄東北、華北等重要地區，以便把兵力（包括尚存的幾支精銳主力）集中到南線，避免被解放軍各個擊破。他在七月十六日召集何應欽、顧祝同、衛立煌等研究東北戰略方針時，“設為只要沈陽糧煤可以自給無虞，則不如准其固守待時，而不必急令其出擊打通錦沈路也。只要沈陽能固守不失，整補戰力，則東北解放軍決不敢進擾華北，故決定堅守。而且世界大勢必將變化，不如沉機待時也。”
毛澤東和中共中央卻認清，蔣介石的這種猶豫不決正是稍縱即逝的大好決戰時機，必須果斷抓住，只要指揮正確，充分發揮自己的優勢，全力以赴，完全可以取得這次戰略決戰的勝利。
在毛澤東和中共中央的指揮下，三大戰役不是分散的、孤立的、一個一個各自進行的三個戰役，而是有著統盤籌劃、一環緊扣一環、相互照應、一氣貫注的完整部署，構成人類戰爭史上一次罕見奇觀。
三大戰役從哪裡打起？毛澤東和中共中央首先把決戰方向指向東北戰場。那時，在全國各個戰場上，東北戰場的雙方力量對比形勢對解放軍最為有利。國民黨軍隊雖然還有五十多萬人，並且包括戰鬥力很強的精銳主力新一軍和新六軍在內，但他們長期困守在互不相連的長春、沈陽、錦州三個孤立據點，軍心渙散，補給困難。到九月間，蔣介石已開始有將長春、沈陽主力撤出的打算，正在“研究撤守長春，把東北主力集中遼西，必要時放棄沈陽，以鞏固華北、穩定全局的計劃。” 但東北“剿總”總司令衛立煌堅決反對，廖耀湘等其他高級將領也擔心脫離堅固設防的大城市後會在運動中被解放軍消滅，蔣介石一時仍舉棋不定。而東北的人民解放軍已擴大到一百萬人，兵力在所有戰場上是最大的，而且裝備較好，士氣高昂；東北解放區已連成一片，土地改革和清剿土匪都已完成，有著鞏固的後方，早已蓄勢待發。只要乘東北的國民黨軍隊尚未決策撤走時把它就地消滅，解放軍便可以大舉入關，使整個軍事局勢改觀。
東北戰場的決戰又從哪裡打起？這是一個頗費斟酌的問題。當時可以有兩種選擇：一是先打長春，二是先打錦州。長春的國民黨軍有十萬之眾，孤懸北邊，被圍困已達五個月，補給幾近斷絕，那裡又同解放軍的北滿根據地相近。把它打下來，也是不小的戰果，並且較有把握，沒有太大風險。錦州是北寧鐵路上聯結東北和華北的咽喉要道（當時北寧鐵路從錦州到關內段尚能暢通），又是對長春、沈陽進行空運補給的基地，它的重要性不言而喻；但離解放軍主力集結的北滿根據地較遠，需要長途奔襲，補給線也長，如果不能把錦州迅速打下，而受到來自沈陽和華北的國民黨軍隊兩面夾擊，也會處在相當危險的境地。
毛澤東和中共中央反覆權衡利弊，認定先打下錦州、切斷東北國民黨軍隊同關內的聯繫、把它封閉在東北各個擊破，最為有利；而且只要有最大的決心和充分的準備，是可以做到的。一九四八年九月七日，也就是九月政治局會議開始的前一天，毛澤東為中共中央軍委起草給林彪、羅榮桓、劉亞樓的電報中說：
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