1998年，全國供銷合作總社組織了大規模的調查研究，形成改革的總體思路。1999年，《國務院關於解決供銷合作社當前幾個突出問題的通知》（國發〔1999〕5號）正式出台，供銷合作社的工作重點轉向了扭虧增盈。2000年全系統扭虧為盈，當年系統匯總實現利潤13.77億元。2001年，情況進一步好轉，匯總實現利潤16.39億元，2002年達到28.6億元。扭虧工作中積累的經驗為“四項改造”戰略的提出提供了實踐層面的支撑。
2009年11月，《國務院關於加快供銷合作改革發展的若幹意見》（國發〔2009〕40號）正式發布，提出新形勢下供銷合作社改革發展的目標和任務是，堅持為農服務宗旨，堅持社會主義市場經濟改革方向，堅持合作制基本原則，大力推進經營創新、組織創新、服務創新，加快構建運轉高效、功能完備、城鄉并舉、工貿并重的農村現代經營服務新體系，努力成為農業社會化服務的骨幹力量、農村現代流通的主導力量、農民專業合作的帶動力量，真正辦成農民的合作經濟組織，不斷開創中國特色供銷合作事業新局面。這標志著供銷合作社邁入新的改革發展階段。
2011年，“2011中國企業500強、中國制造業企業500強及中國服務業企業500強”名單發布。中國供銷集團以960多億元的營業收入名列中國企業500強第83位，在中國服務業500強企業排名中名列第31位，這是供銷合作社系統企業首次入選中國百強企業。
根據中華全國供銷合作總社官網介紹，從2013年開始，歷年來中央一號文件多次關注了供銷合作社的發展和改革工作。
例如，2014年，供銷合作社綜合改革試點列入中央改革辦2014年工作要點，寫入中央一號文件和《政府工作報告》。2016年，中央一號文件明確提出，深入推進供銷合作社綜合改革，提升為農服務能力。
2018年，中央一號文件就全面實施鄉村振興戰略作出全面部署，明確提出全面深化供銷合作社綜合改革，支持供銷、郵政及各類企業把服務網點延伸到鄉村，健全農產品產銷穩定銜接機制。2019年，中央一號文件明確提出，繼續深化供銷合作社綜合改革，制定供銷合作社條例。 |
