3、共同維護中國主權的合作經歷
兩岸在共同維護南海權益方面有過多次默契與合作，這為兩岸未來的合作提供了很好的歷史條件。
1988年，在中國收復被越南佔領的南沙島嶼的激戰中，中國南海艦隊編隊到達南沙群島海域。在編隊行至太平島附近海面時，拉響了汽笛，向駐守太平島的台灣海軍官兵致意。經國民黨駐太平島守軍的默許，編隊所有艦艇在島上停住一個星期，補充了淡水和主副食品，並借此瞭解越軍在各礁盤上的活動情況，尋找登礁和應敵的突破口。
實際上，不管是台灣方面對東沙、中沙兩群島和南沙的太平島行使主權（以“中華民國”的名義），還是中國政府對西沙群島行使主權，雙方都沒有就對方的行為表示抗議，對於其他南海周邊國家在南沙群島搶奪島礁和提出所謂
“主權要求”的行徑，雙方也共同地嚴加譴責和抗議。3這本質上就是對一個中國原則的共識。
在印尼邀請中國大陸參加南海會議期間，中國就對台灣希望介入南海事務的問題清楚表明了態度，即基於南海會議為民間性質的安全對話機制這一現狀，在台灣屬於中國的組成部分這一諒解下，同意台灣參與會議。最後，在中國的同意下，台灣得以參與非官方的“南海會議”和“南海技術工作小組會議”。
4、南海政策與立場的相似性。
在目前兩岸分治的情況下，雙方在由誰代表中國行使南海主權這一問題上一直沒有共識。但是，在一個中國原則之下，雙方在南海問題上的具體立場和主張都很接近，這是雙方進行合作的重要政策基礎。
陳水扁時期，台灣當局強調南海資源的保護，目的希望以一個獨立的“主權國家”身份參與南海對話與合作，因此，對中國的南海主權並不強調，少有以“中華民國政府”名義申張主權。國民黨重新執政後，調整了對南海事務的立場，不斷重申“中華民國”對南海的主權與共同開發立場，這是一個積極的信息。兩岸在政策上的相似性表現在，都聲明自己代表中國來主張對南海的主權，認為“南海歷史性水域界線內的海域為中國管轄的海域，中國擁有一切權益。”對於出現的主權和其他爭端，都主張以和平方式解決。東盟國家由此認為它們所面對的是“一種對立的立場”，而不是兩種立場，都傾向於將二者定位為一國兩方。
在南海問題上，海峽兩岸都表示在維護中國主權原則下，可以與相關國家合作開發這一海域。中國政府處理南海問題的基本依據是鄧小平的“主權在我，擱置爭議，共同開發”的思想，1990年中國正式提出了“擱置爭議，共同開發”的主張，反對將主權問題列入各種官方磋商機制或非官方論壇。而台灣“外交部”也在1992年5月正式表示要“以國際共同開發方式，充分運用南海資源，至於主權問題，則可避而不談”。41994年台灣《南海政策綱領》中的立場是，主張中國在南海歷史性水域內擁有主權，堅持主權的前提下支持以合作、和平方式解決南海爭端，這與大陸的基本原則是一致的。在這之後，台灣地區領導人也多次表示台灣將以共同開發資源的方式，設法消除南海潛在衝突因素，5提出撇開主權問題，以合作方式，由各相關國家共同出資組成一個公司形態的組織，共同發展。6
在以化解南海領土爭端、探討合作途徑為主旨的國際間非官方論壇上，兩岸都是積極而重要的參與者。兩岸同時參與了“南海會議”，“南海會議”上達成的共識應該也反映了兩岸共同的判斷，即合作區域以整個南海為範疇，各方代表同意避開主權爭議而共同開發。台灣因不具有“主權國家”的地位被排除在《南海各方行為宣言》之外，但通過和平理性的協商，防止區域內武力衝突等宣言宗旨也是符合台灣利益的，其領導人也曾發表過講話，接受《南海各方行為宣言》，希望參與正在研擬中的《南海行為準則》。
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