複雜性的考量
南海問題與兩岸關係問題是兩個非常複雜和敏感的戰略性問題，將兩個存在著重大對抗性關係的問題聯繫在一起處理，是否是一個明智的做法，這需要進行風險評估。無疑，這兩個問題都是中國政府需要慎重處理的，對於中國的和平發展都具有重要意義。在兩岸關係對抗時期，南海問題與兩岸關係問題分開處理可以分解壓力、避免不良的情形更加惡化。而在兩岸關係緩和好轉的時期，從戰略效度而言，可以同時推動兩個問題朝好的方面、積極的方面發展。畢竟，南海問題和兩岸關係事實上已經不可避免地聯繫在了一起，我們在戰略思維上難以把它們完全隔離開。
然而，不管是南海問題還是兩岸關係問題，都必須放到中國整體發展戰略中去考慮。
一方面，要清醒認識南海事務在兩岸關係中的地位。
兩岸關係問題是在中國主權框架內處理的內部事務，南海問題則涉及中國主權與他國主權之間的多邊爭端，問題的性質不同，層次不同，有必要區別處理。中國的南海主權只是兩岸之間可能達成共識和尋求共同利益的領域之一，兩岸關係在政治、經濟、軍事甚至涉外事務等其他方面有許多重大問題需要解決，因此應該著眼於兩岸關係中的最重大問題，兩岸在南海事務中的合作必須依據有利的時機、條件和可能性而展開；應該具有相當的彈性，充分考慮到台灣政治生態的特點，對未來兩岸關係的可能變化要有所準備。
台灣當局在南海事務中一度比較低調，但近期言行較為活躍。這一變化的戰略意味是什麼，需要認真考量。一直以來，台灣將參與南海問題的解決與參與合作開發等事務，定位在關係到台灣未來生存空間的拓展這一戰略高度。台灣的南海政策始終是以維護“國家安全”為戰略目標，希望通過參與南海區域合作，提升台灣在東南亞區域的影響與地位。這種戰略思路，即便是在馬英九執政時期也不會有太大改變。
此外，還有一個情況值得注意，即美國因素的介入。台灣和南海周邊一些國家如菲律賓等國之間就南沙主權有過爭執，但在美國有意推動下，台菲之間卻維持緊密的航空、航海協議。如台灣空運專隊每隔半年即往返於台菲之間，作為空軍戰略後方；而航海方面，台灣戰艦每年通過菲國水道，以熟悉周邊水域。10美國安全研究中心亞洲研究部還曾向台灣當局發出一份內部報告，警告“中國大陸可能奇襲台灣附屬小島”，這份帶有挑撥性質的報告，致使台灣軍方十分緊張，考慮是否要加強太平島的防務。11
總的來說，南海事務並非當前兩岸關係中的最重大、最緊迫議題；台灣的南海政策有著以“國家安全”為核心的歷史延續性，台灣與南海周邊國家保持既對抗又合作的歷史關係，而美國因素的捲入更增加了該地區的複雜性。對於這些情況，我們在推動兩岸合作的過程應該有清醒的認識。
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