1995年，“愛國者”-3Ⅰ型方案完成，採用了新型處理系統，極大地改善了雷達性能，局勢監控站和情報協調中心也進行了改進，同時，“愛國者”-3反導系統開始裝備完善型GЕМ導彈，這種導彈裝配快速作用引信戰鬥部和新型制導裝置，目標殺傷範圍增加到150-160公里。1996年，“愛國者”-3Ⅱ型改進方案完成，程序保障系統得到了改善，雷達發現小型和隱形目標的能力得到提高，同時降低了反輻射導彈及其載機對系統的攻擊效率。
2000年，“愛國者”-3Ⅲ型改進項目完成，採用了一系列新型無線電電子元件，完善了程序保障性能，提高了雷達發現戰術彈道導彈發射的預警能力和落點判斷能力，能與前沿部署的末段高空反導防禦系統互通，發射裝置得到了進一步的完善，在遠離指揮所30公里的地方部署。這一方案的主要特點是使用“愛國者”-3(ERINT-1)新型高機動、高精導彈，裝配主動雷達自導彈頭，但射程相對不遠，射高只有15-20公里，主要優勢是使用“愛國者”-2系統的改進型發射裝置後，由於新型導彈尺寸和重量降低，一部發射裝置導彈裝配數量增加了3倍(達到16枚)。
部署規模龐大，實戰表現美中不足
目前，在美國多層次、一體化的彈道導彈防禦系統組成單元中，“愛國者”-3系統屬於技術最為成熟的單元之一，且是唯一經過實戰檢驗的防禦單元。到2009年底美軍已部署681枚攔截彈；預計到2010年底，美軍部署攔截彈數量將達到831枚。美國許多盟友國家(如日本、韓國、以色列等)紛紛通過直接購進美制系統、或引進相關技術研發自產型號，或通過美國駐軍部署的方式而尋求“愛國者”-3系統保護。根據日本的防衛計劃，截至2010年度，自衛隊還將在神奈川縣武山基地和茨城縣霞浦基地等9處基地、總計14個部隊部署“愛國者”-3系統裝備。
在2003年伊拉克戰爭中，美陸軍近千枚“愛國者”導彈部署到伊拉克周邊，其中包括有所改進的“愛國者”-2、增強型“愛國者”GEM和“愛國者”-3。50枚“愛國者”-3當時尚未正式列裝，還處在試驗階段。“愛國者”屬於低層反導系統。它攔截1.2萬米高空中的戰術彈道導彈需要預警信息系統支持。戰中，伊拉克發射了23枚戰術彈道導彈和5枚CSS-3“泡泡紗”巡航導彈，但只有9枚戰術彈道導彈被“愛國者”成功攔截，成功率僅為32%，其中，增強型“愛國者”CEM攔截了7枚，4枚“愛國者”-3導彈攔截了2枚(“雙打一”式攔截)戰術彈道導彈，成功率很高，另外5枚“泡泡紗”巡航導彈無一被攔截。儘管美軍只輕描淡寫地承認3月28日從法奧半島發射的一枚巡航導彈攻擊了科威特購物中心，造成有人輕傷，但它有力表明“愛國者”-3導彈對付巡航導彈無可奈何。
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