日本內閣官房長官仙穀由人29日敦促俄方取消登島計劃，還稱日本政府“已經通過多種渠道向俄方轉達日本的立場。”首相菅直人也被迫就這個問題進行回應。日本媒體稱，外相前原誠司已經向俄駐日大使提出警告：訪問北方四島“將嚴重傷害兩國關係”。《產經新聞》說，從蘇聯時代開始，俄羅斯的國家元首就沒訪問北方領土的先例。如果梅德韋傑夫成行，必遭日本抗議。日俄關係降到最壞水平可能性很大。日本2CH網站上有網民激動地稱，“俄羅斯是個不講信用的國家，要不是二戰時撕毀中立條約對日開戰，日本才不會輸給中國。現在又來搶北方四島，日本堅決不能示弱”，“日本要聯合美韓舉行軍演”。
距離日本北海道僅幾十公里的北方四島是亞洲大國最古老的島嶼爭端之一，它的歸屬變遷直接伴隨著日俄兩個大國的盛衰。蘇聯領導人斯大林的一段話曾被廣泛引用：“1905年戰敗給我們的內心留下了痛苦的記憶，給我們國家的聲譽留下了一個污點。40年來，我們老一輩的人，一直在等這一天，現存終於等到了。這意味著南薩哈林和千島群島將成為蘇聯的一部分。”1904年，當其他亞洲國家還在沉睡時候，日本不可思議地打敗了老牌帝國沙俄，占領了千島群島和庫頁島。二戰後日本戰敗，千島群島被蘇聯接收，北方四島也被一並收回。但日本認為，北方四島不屬於千島群島，一直是日本開發和占有的，要求蘇聯歸還。冷戰期間，北方四島是美蘇對峙的一道戰壕，冷戰後，日本與俄羅斯在這裡發生的爭吵也從未平息。十幾年前，葉利欽與橋本龍太郎曾試圖解決爭端，但以慘敗收場，2001年普京曾提出歸還其中兩個島嶼的解決方案，也未獲成功。日本首相小泉曾拿著望遠鏡遠遠地凝視北方四島來宣示主權，但無濟於事。近10年來，幾乎每次日俄領導人會晤北方四島問題都是議題之一。
俄羅斯《報紙報》網站29日說，日本警告梅德韋傑夫登島可能將兩國推向戰爭邊緣。該報針鋒相對地強調，梅德韋傑夫登島行程變化是受到了天氣影響，而非因為日本的強烈反應。並且，總統已經表示將很快登上爭議島嶼。俄杜馬官員也反擊說，日本外交部威脅梅德韋傑夫登島的聲明“刺耳”且“不當”。
日本《每日新聞》特意提出，梅德維傑夫披露登島消息恰逢日中因撞船事件而關係緊張。路透社也稱，梅德韋傑夫此前剛結束對中國的訪問。歐洲電視1台則稱，日俄就梅德韋傑夫將走訪北方四島而爆發口水戰，反映了兩國根深蒂固的矛盾和難有答案的領土糾葛。報道稱，這次口水仗雙方其實已打了一個月，只是被中日撞船事件搶去了風頭。如今中日在撞船事件上陷入僵持，日俄間類似的矛盾便很容易引起關注，在撞船事件中飽受指責的日本內閣也勢必不得不採取強硬立場。
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